공익수용 감면을 받아도 비사업용 토지 중과는 피하지 못할 수 있습니다

토지가 공익사업에 수용되면 양도소득세의 15%(현금보상 기준)를 감면받을 수 있습니다. 이 감면은 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지이면 적용됩니다.

그런데 수용되는 토지를 무조건 사업용 토지로 보아 중과세를 배제하는 규정은 기준 기간이 다릅니다. 2021년 5월 4일 이후 사업인정고시된 사업이라면 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지여야 합니다.

그 결과 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이상 5년 미만인 토지는 감면은 받으면서 비사업용 토지 중과세율(기본세율 + 10%p)도 함께 적용받는 구간에 놓입니다. 2021년 5월 3일 이전에 고시된 사업이라면 두 기준이 모두 2년이므로 이런 문제가 생기지 않습니다.

따라서 보상 서류에서 사업인정고시일을 먼저 확인해야 합니다.

1. 관련 법령

조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)
조세특례제한법 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도)
조세특례제한법 시행령 제72조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면)
소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위)
소득세법 제104조 제1항 제8호(양도소득세의 세율 — 비사업용 토지)
소득세법 시행령 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등)
농어촌특별세법 제5조 제1항(과세표준과 세율)

2. 두 제도의 기준 기간이 다릅니다

공익수용 감면 — 조세특례제한법 제77조 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도하는 경우 적용됩니다. 감면율은 보상 방식에 따라 다릅니다.

현금보상: 15%
채권보상(일반): 20%
채권 3년 이상 만기보유 특약: 35%
채권 5년 이상 만기보유 특약: 45%

35% 및 45%는 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우에 한합니다. 근거 법률 확인이 필요합니다. 위 감면율은 2025년 3월 14일 개정으로 종전 10% / 15% / 30% / 40%에서 각각 상향된 것입니다.

비사업용 토지 중과 배제 — 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 협의매수 또는 수용되는 토지 중 아래에 해당하면 지목이나 실제 이용현황과 관계없이 비사업용 토지로 보지 않습니다.

가목: 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 (취득시기 제한 없음)
나목: 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

나목의 ’5년’은 2021년 5월 4일 이후 사업인정고시되는 사업부터 적용됩니다. 2021년 5월 3일 이전에 사업인정고시된 사업이라면 종전대로 ’2년’이 적용됩니다.

상속받은 토지는 피상속인이 취득한 날을, 이월과세(소득세법 제97조의2 제1항) 적용 대상은 증여한 배우자 또는 직계존비속이 취득한 날을 취득일로 봅니다.

3. 감면과 중과가 동시에 적용되는 구간

2021년 5월 4일 이후 사업인정고시된 사업을 전제로, 취득일부터 사업인정고시일까지의 기간에 따라 아래와 같이 갈립니다.

2년 미만

감면: 적용 불가
중과: 배제 특례 적용 불가

2년 이상 5년 미만

감면: 적용 가능
중과: 배제 특례 적용 불가 (기본세율 + 10%p)

감면과 중과가 겹치는 구간입니다.

5년 이상

감면: 적용 가능
중과: 배제 특례 적용 (기본세율)

2021년 개정 전에는 두 제도의 기준이 모두 2년이었으므로 ’감면이 되면 중과도 없다’는 설명이 통용되었습니다. 현재는 그렇지 않습니다.

비사업용 토지에 해당하더라도 장기보유특별공제는 적용됩니다. 보유기간 3년 이상부터 연 2%, 최대 15년 30%(소득세법 제95조 제2항 표1)입니다.

4. 세부담 차이 예시

아래는 이해를 돕기 위한 단순 계산 예시이며, 실제 사안에서는 필요경비와 다른 양도자산 유무 등에 따라 달라집니다.

전제

나대지, 취득일 2019년 6월 1일, 취득가액 2억원
사업인정고시일 2023년 6월 1일 (취득일부터 4년 후)
양도일 2026년 9월 15일, 양도가액 5억원, 현금보상
기타 필요경비 없음, 해당 과세기간에 다른 양도자산 없음

공통 계산

양도차익: 300,000,000원
장기보유특별공제(7년, 14%): 42,000,000원
양도소득금액: 258,000,000원
양도소득기본공제: 2,500,000원
양도소득 과세표준: 255,500,000원

사례 A — 취득일이 고시일부터 4년 전인 경우 (비사업용 토지 중과)

적용세율: 48% (38% + 10%p)
누진공제: 19,940,000원
산출세액: 102,700,000원
감면세액(15%): 15,405,000원
양도소득세: 87,295,000원
개인지방소득세(양도세의 10%): 8,729,500원
농어촌특별세(감면세액의 20%): 3,081,000원
총 부담세액: 99,105,500원

사례 B — 취득일이 고시일부터 5년 이전인 경우 (사업용 토지 간주)

적용세율: 38%
누진공제: 19,940,000원
산출세액: 77,150,000원
감면세액(15%): 11,572,500원
양도소득세: 65,577,500원
개인지방소득세(양도세의 10%): 6,557,750원
농어촌특별세(감면세액의 20%): 2,314,500원
총 부담세액: 74,449,750원

차이 24,655,750원

감면세액에는 농어촌특별세 20%가 과세됩니다. 감면율이 높아질수록 농어촌특별세도 함께 늘어나므로, 감면 후 실제 부담을 계산할 때 반드시 포함해야 합니다.

5. 중과 배제 특례가 안 되어도 검토할 수 있는 경로

소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호는 지목과 이용현황을 따지지 않고 사업용으로 간주해 주는 규정일 뿐입니다. 이 특례가 적용되지 않는다고 해서 곧바로 비사업용 토지로 확정되는 것은 아닙니다.

기간기준 충족 여부를 먼저 봅니다 비사업용 토지는 소득세법 시행령 제168조의6의 기간기준(양도일 직전 3년 중 2년, 직전 5년 중 3년, 보유기간의 100분의 60)을 넘겨 비사업용으로 사용한 경우에 해당합니다. 실제 사용현황이 사업용이었던 기간이 있다면 이를 먼저 따져야 합니다.

법령상 사용 제한 기간 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따라, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 기간은 비사업용 토지에 해당하는지를 판정할 때 제외합니다.

토지이용계획확인원과 개발행위허가 제한 이력을 확인할 필요가 있습니다. 이 부분이 실무상 마지막 방어선인 경우가 많습니다.

다른 감면 규정과의 유불리 비교 농지·개발제한구역 내 토지 등이라면 조세특례제한법 제69조(자경농지), 제70조(농지대토), 제77조의3(개발제한구역) 등과의 비교 검토가 필요합니다.

6. 실무 유의사항

사업인정고시일 특정이 가장 중요합니다 사업시행자가 공익사업에 필요한 토지 전부를 협의매수 방식으로 취득하여 사업인정을 받지 않고 사업을 수행하는 경우에는, 보상계획 공고일(공고를 생략한 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날)을 사업인정고시일로 봅니다.

이 날짜가 몇 달만 달라져도 5년 요건 충족 여부가 뒤집힙니다. 보상 서류에서 근거 법률과 고시 근거를 반드시 확인해야 합니다. 사업지역이 추가·변경 고시된 경우에는 해당 토지가 편입된 고시일을 기준으로 판단합니다.

감면신청을 하지 않으면 감면이 부인됩니다

수용되는 경우(조세특례제한법 제77조 제1항 제3호) — 양도자가 예정신고를 포함한 과세표준신고와 함께 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 제출해야 합니다(조세특례제한법 시행령 제72조 제8항).
공익사업 시행자 등에게 협의양도하는 경우(제1항 제1호·제2호) — 사업시행자가 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출해야 합니다(같은 조 제7항).

보상확인서 등 필요 서류를 사업시행자로부터 미리 받아 두어야 합니다.

감면한도 조세특례제한법 제77조·제77조의2·제77조의3에 따른 감면세액의 합계액에 대하여 별도의 종합한도가 적용됩니다.

과세기간별 한도: 2억원
5개 과세기간 합계 한도: 3억원

2025년 3월 14일 개정으로 종전 1억원 / 2억원에서 상향되었습니다. 5개 과세기간 합계액은 해당 과세기간의 감면세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 세액을 합하여 계산합니다.

적용기한 조세특례제한법 제77조의 감면은 2026년 12월 31일 이전 양도분까지 적용됩니다. 2026년 8월 3일 발표된 「2026년 세제개편안」에 적용기한 연장이 포함되어 있으나, 국회 의결 전이므로 확정된 내용이 아닙니다.

신고·납부기한 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고와 납부를 마쳐야 합니다. 개인지방소득세와 농어촌특별세도 같은 기한에 함께 신고·납부합니다.

위 예시(양도일 2026년 9월 15일)의 예정신고기한 및 납부기한은 2026년 11월 30일(월)입니다. 기한 말일이 토요일 또는 공휴일이면 그 다음 날(다음 영업일)까지 연장됩니다. 해당 과세기간에 다른 양도자산이 없다면 예정신고로 종결되며, 확정신고 의무는 없습니다.

수용의 경우 양도시기는 대금청산일, 수용개시일, 등기접수일 중 빠른 날입니다. 보상금 수령내역으로 양도일을 먼저 확정해야 기한이 정해집니다.

향후 개정 예정 사항 — 확정 전 2026년 세제개편안에는 비사업용 토지에 대한 장기보유특별공제 배제와 중과세율 10%p 추가 상향(2028년 1월 1일 이후 양도분)이 포함되어 있습니다. 정부안이며 국회에서 변경될 수 있으므로, 확정 여부를 별도로 확인해야 합니다.

7. 자가 점검 방법

아래 세 가지를 순서대로 확인하면 본인의 상황을 가늠할 수 있습니다.

사업인정고시일 확인 — 보상계획 통지서 또는 보상 안내문에 기재된 근거 법률과 고시 번호·고시일을 확인합니다. 사업인정고시가 없는 협의매수라면 보상계획 공고일 또는 통지일을 확인합니다.
취득일부터 사업인정고시일까지의 기간 계산 — 등기사항전부증명서 또는 매매계약서로 취득일을 확인한 뒤, 사업인정고시일과의 간격이 2년 이상인지, 5년 이상인지 확인합니다.
토지 이용현황 및 사용제한 이력 확인 — 정부24 또는 토지이음(eum.go.kr)에서 토지이용계획확인원을 열람하여 용도지역과 행위제한 내용을 확인합니다.

홈택스에서는 다음 경로로 모의계산을 해볼 수 있습니다.

홈택스 로그인 → 세금신고 → 양도소득세 → 모의계산

작성 기준

작성 기준일: 2026년 8월

조세특례제한법 제77조 감면율 상향 및 수용감면 별도 감면한도 신설을 반영했습니다. (2025. 3. 14. 법률 제20778호, 2025. 3. 14. 시행)
소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 나목 기간요건 강화를 반영했습니다. (2021. 5. 4. 이후 사업인정고시분부터 5년)

이 글은 2026년 8월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성한 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.