공익사업 수용 토지 양도소득세, 실무에서 가장 많이 실수하는 3가지

공익사업으로 토지가 수용되면 두 가지 세제 혜택을 검토합니다. 하나는 비사업용 토지 중과세율(기본세율＋10%p)에서 제외되는 것이고, 다른 하나는 조세특례제한법 제77조에 따른 양도소득세 감면입니다.

두 혜택 모두 판정 기준일은 보상금을 받은 날이나 등기일이 아니라 해당 사업의 사업인정고시일이며, 요구되는 보유기간이 서로 다릅니다. 비사업용 토지 제외는 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이전 취득, 수용감면은 2년 이전 취득이 요건입니다.

또한 지방자치단체나 공공기관에 매각했다는 사실만으로 감면이 인정되지는 않으며, 요건을 갖추지 못한 상태로 감면을 신청하면 감면세액과 가산세가 함께 추징될 수 있습니다.

1. 관련 법령

소득세법 제104조 제1항 제8호(양도소득세의 세율 — 비사업용 토지)
소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위)
소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등)
소득세법 시행령 제162조 제1항(양도 또는 취득의 시기)
조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)
조세특례제한법 제133조 제2항(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도)
농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호(과세표준과 세율)

2. 실수 1 — 비사업용 토지 제외 요건을 ’2년’으로 잘못 아는 경우

정확한 요건 수용되는 토지가 비사업용 토지에서 제외되려면, 다음 중 하나에 해당해야 합니다.

사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지
취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

감면 요건(2년)과 혼동하기 쉬우나, 비사업용 토지 제외 요건은 5년입니다. 두 제도의 기간이 서로 다릅니다.

취득일을 다르게 보는 경우

상속받은 토지: 피상속인이 그 토지를 취득한 날
배우자·직계존비속에게서 증여받아 이월과세(소득세법 제97조의2 제1항)가 적용되는 토지: 증여한 사람이 그 토지를 취득한 날

이월과세가 적용되지 않는 증여라면 증여받은 날이 취득일입니다.

요건을 못 갖추면 일반 토지와 동일하게 농지·임야·목장용지 등의 재촌·자경 여부, 보유기간 중 사업용 사용기간 등을 따져 비사업용 토지 여부를 판정하며, 해당되면 기본세율에 10%p를 더한 세율이 적용됩니다. 수용되었다는 사실만으로 중과가 자동 배제되지는 않습니다.

3. 실수 2 — 감면 기준일을 수용일·잔금일로 계산하는 경우

정확한 요건 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에 한하여 감면이 적용됩니다.

수용계약일, 보상금 수령일, 소유권이전등기일을 기산점으로 계산하는 것은 잘못된 계산입니다.

사업인정고시일 확인 방법 보상계획 공고문, 사업시행자가 교부한 보상안내문, 관보 또는 지방자치단체 고시문에서 확인합니다.

사업시행자가 사업인정 절차 없이 필요한 토지 전부를 협의매수 방식으로 취득하는 사업이라면, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제15조에 따른 보상계획 공고일(공고를 생략한 경우에는 토지소유자에게 보상계획을 통지한 날)을 사업인정고시일로 봅니다.

감면이 배제되는 대표적 사례

사업지구 지정 소식을 듣고 사업인정고시일 전 2년 이내에 매수하거나 증여받은 토지
환지방식으로 시행되는 사업에서 발생한 양도소득

취득일을 다르게 보는 경우

상속받은 토지: 피상속인이 그 토지를 취득한 날
이월과세(소득세법 제97조의2 제1항)가 적용되는 증여받은 토지: 증여한 사람이 그 토지를 취득한 날

조세특례제한법 제77조 제9항에 규정되어 있습니다.

점유취득시효로 취득한 토지 민법 제245조 제1항에 따라 소유권을 취득한 경우, 취득시기는 등기일이 아니라 그 부동산의 점유를 개시한 날입니다. 1984년 12월 31일 이전 취득분은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 봅니다.

다만 소송의 종결 형태와 사실관계에 따라 취득시기 판단이 달라진 사례가 있으므로, 판결문과 점유 개시 사실을 확인한 후 적용해야 합니다.

4. 실수 3 — 공공기관에 매각하면 모두 감면된다고 보는 경우

감면 대상 소득 — 조세특례제한법 제77조 제1항

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (정비기반시설을 수반하지 않는 정비구역은 제외)
위 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

유의할 점

사업인정고시일 이후에 협의에 의하여 매매계약이 체결되어 양도한 경우도 ’수용’의 범위에 포함됩니다.
반대로, 법률상 수용 권한이나 공익사업 지정 절차 없이 단순 행정 협의로 매수한 경우(예: 별도 근거 법률 없는 부지 매입, 일반 매매계약)는 목적이 공공적이더라도 감면 대상이 아닙니다.
협의합의서나 보상안내문에 “어느 법률에 근거한 사업인지”가 기재되어 있는지 확인해야 합니다.

요건 미충족 상태로 감면을 적용하면 감면세액과 가산세가 함께 추징됩니다.

5. 감면율·감면한도·부대세목

감면율 — 2025년 귀속 양도분부터

현금으로 보상받는 부분: 15%
보상채권으로 받는 부분: 20%
3년 이상 만기보유특약 채권: 35%
5년 이상 만기보유특약 채권: 45%

만기보유특약에 따른 35%(5년 이상은 45%) 감면을 받은 후 특약을 위반하면, 감면세액 중 양도소득세의 15%(5년 이상은 25%)에 상당하는 금액이 즉시 징수됩니다. 2025년 3월 14일 시행 개정으로 종전 10%·15%·30%·40%에서 각각 5%p 상향되었습니다.

감면한도 — 2025년 귀속 양도분부터

과세기간별: 2억원
5개 과세기간 합계: 3억원

조세특례제한법 제77조·제77조의2·제77조의3에 따른 감면세액을 합산하여 적용하며, 두 금액 중 큰 금액을 감면하지 않습니다. 2025년 3월 14일 신설된 별도 한도로, 다른 감면 규정의 종합한도(제133조 제1항)와 구분됩니다.

농어촌특별세 감면받은 세액의 20%를 농어촌특별세로 신고·납부해야 합니다.

적용기한 2026년 12월 31일 이전에 양도하는 분까지 적용됩니다.

6. 양도시기와 신고·납부기한

수용의 경우 양도시기 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기 접수일 중 가장 빠른 날입니다. 보상금 증액 소송 등으로 대금청산일이 늦어지더라도, 수용개시일이 먼저 도래하면 그날이 양도시기가 됩니다.

예정신고·납부기한 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 예정신고와 납부를 모두 마쳐야 합니다. 예를 들어 양도일이 2026년 9월 10일이면 2026년 11월 30일까지입니다.

확정신고·납부기한 양도일이 속하는 과세기간의 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 신고와 납부를 마쳐야 합니다.

감면신청 감면을 받으려면 과세표준신고(예정신고 포함)와 함께 세액감면신청서에 수용 사실을 확인할 수 있는 서류(만기보유특약을 체결한 경우에는 특약 체결 사실 및 보상채권 보유 사실을 확인할 수 있는 서류 포함)를 첨부하여 제출해야 합니다.

7. 자가 점검 방법

다음 세 가지를 순서대로 확인하면 대략적인 판단이 가능합니다.

사업인정고시일 확인 — 보상계획 공고문·보상안내문·관보 고시문 또는 토지이용계획확인서(정부24 또는 토지이음)에서 해당 사업의 고시일 확인
취득일 확인 — 등기사항전부증명서의 소유권 이전 원인과 접수일 확인 (상속·증여로 취득한 경우에는 위 2항·3항의 특례 적용)
기간 계산 — 사업인정고시일 − 취득일 ≥ 5년이면 비사업용 토지 제외 검토, 사업인정고시일 − 취득일 ≥ 2년이면 수용감면 적용 검토

보상금 명세서와 협의합의서에 기재된 근거 법률을 함께 확인하면 감면 대상 사업 여부까지 1차 판단이 가능합니다.

작성 기준

작성 기준일: 2026년 8월

2025년 3월 14일 시행 조세특례제한법 개정(법률 제20778호)을 반영했습니다.

공익사업용 토지 양도소득세 감면율 5%p 일괄 상향
수용 관련 감면(제77조·제77조의2·제77조의3)의 별도 감면한도 신설
위 개정규정은 부칙에 따라 2025년 귀속 양도분부터 적용

이 글은 2026년 8월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성한 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.