비상장주식 양도 절차와 세금 신고 안내

비상장주식은 증권거래소를 통하지 않으므로, 계약 체결부터 세금 신고까지 당사자가 직접 이행해야 합니다. 양도인은 양도소득세와 증권거래세를 모두 신고·납부해야 하며, 기한은 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내입니다.

비상장주식은 대주주·소액주주 구분 없이 전원이 양도소득세 과세 대상이며, 양도차익이 없거나 손실이 발생했더라도 신고 의무는 그대로 남습니다. 증권거래세는 손익과 무관하게 양도가액 전체에 부과됩니다.

기한을 넘기면 무신고가산세 20%와 1일 0.022%의 납부지연가산세가 가산되며, 가족·임원 등 특수관계인과 시가와 다른 가격으로 거래하면 양도소득세 재계산과 증여세 추징이 함께 발생할 수 있습니다.

1. 관련 법령

• 소득세법 제94조 제1항 제3호(양도소득의 범위 — 주식등의 양도)
• 소득세법 제94조 제1항 제4호(양도소득의 범위 — 기타자산)
• 소득세법 제101조(양도소득의 부당행위계산)
• 소득세법 제103조(양도소득 기본공제)
• 소득세법 제104조 제1항 제11호(양도소득세의 세율)
• 소득세법 제105조(양도소득과세표준 예정신고)
• 소득세법 제110조(양도소득과세표준 확정신고)
• 소득세법 시행령 제167조의8(대주주의 범위)
• 증권거래세법 제3조 / 제7조 / 제8조 / 제10조(납세의무자 / 과세표준 / 세율 / 신고·납부)
• 상속세 및 증여세법 제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여)
• 법인세법 제119조(주식등변동상황명세서의 제출)
• 국세기본법 제47조의2 / 제47조의3 / 제47조의4(무신고가산세 / 과소신고가산세 / 납부지연가산세)
• 상법 제335조(주식의 양도성)

2. 주식 양도 4단계 절차

1단계 — 주식양수도계약서 작성 양도인과 양수인이 매매 주식 수, 1주당 단가, 총 매매대금, 계약일과 잔금일을 명시한 계약서를 작성합니다. 계약서상 거래가액이 이후 양도소득세와 증권거래세의 과세표준이 되므로, 가격 산정 근거를 함께 보관해야 합니다.

2단계 — 대금 정산 및 주권 교부 계약 내용에 따라 대금을 정산하고 주권을 교부합니다. 실무상 다수의 중소기업은 주권을 발행하지 않습니다.

주권 미발행 상태의 주식은 회사 성립일 또는 신주 납입기일부터 6개월이 경과한 후에야 양도할 수 있으며, 이 경우 회사에 대한 양도 통지 또는 회사의 승낙이 있어야 회사에 대항할 수 있습니다(상법 제335조 제3항).

3단계 — 명의개서 신청 양수인이 대상 법인에 주주명부 변경(명의개서)을 청구합니다. 통상 주식양수도계약서, 양도인의 인감증명서, 신분 증빙 등을 갖추어 신청합니다.

4단계 — 법인의 서류 반영 회사는 주주명부를 수정하고, 주식등변동상황명세서를 관할 세무서에 제출합니다. 제출 기한은 사업연도 종료일부터 3개월 이내(법인세 과세표준 신고기한)입니다. 12월 결산법인은 다음 해 3월 31일이지만, 결산기가 다른 법인은 기한도 달라집니다.

3. 증권거래세

납세의무자 개인 간 장외 직접거래에서는 주식을 양도한 자(양도인)가 직접 신고·납부합니다. 금융투자업자나 예탁결제원을 통해 거래되는 경우에는 해당 기관이 납세의무자가 되며 신고 주기도 다릅니다.

과세표준과 세율 과세표준은 주권의 양도가액 전체입니다. 비상장주식 세율은 0.35%(1만분의 35)입니다.

• 계산식: 양도가액 × 0.35%
• 예시: 1억원 양도 시 → 350,000원

양도차익이 없거나 손실이 발생해도 납부해야 합니다. 양도가액을 알 수 없거나 그 가액이 부당하게 낮은 경우에는 별도로 평가한 가액이 과세표준이 됩니다(증권거래세법 제7조).

4. 양도소득세

과세 대상 비상장법인의 주식은 대주주·소액주주 구분 없이 모두 과세 대상입니다. 다만 소액주주가 K-OTC(한국금융투자협회 장외시장)를 통해 양도하는 중소·중견기업 주식은 과세 대상에서 제외됩니다.

과세표준 계산 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 빼면 양도차익이 되고, 양도차익에서 기본공제(연 250만원)를 빼면 과세표준이 됩니다. 기본공제 250만원은 국내주식과 국외주식을 합산하여 연 1회 적용됩니다.

대주주 판정 기준 다음 중 하나에 해당하면 대주주입니다. 판정 시점은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일입니다.

• 지분율: 4% 이상
• 시가총액: 10억원 이상 (K-OTC에서 거래되는 벤처기업 주식은 40억원 이상)

본인 지분과 특수관계인 지분을 합산하여 판정합니다. 직전 사업연도 종료일에는 4%에 미달했더라도 해당 사업연도 중 추가 취득으로 4% 이상이 되면, 그 취득일 이후부터 대주주에 해당합니다. 2024년부터 상장법인 대주주의 시가총액 기준이 50억원으로 완화되었으나, 비상장법인은 10억원 기준이 유지되고 있습니다.

세율 중소기업 해당 여부와 대주주 여부에 따라 달라집니다. 괄호 안은 지방소득세를 포함한 실효세율입니다.

1. 대주주가 아닌 주주

• 중소기업 주식: 10% (11%)
• 중소기업 외 법인 주식: 20% (22%)

2. 대주주 (중소기업 여부 불문)

• 과세표준 3억원 이하: 20% (22%)
• 과세표준 3억원 초과: 25% (27.5%) → 6,000만원 + (3억원 초과분 × 25%)

3. 중소기업 외 법인의 대주주가 1년 미만 보유한 주식

• 30% 단일세율 (33%)

중소기업 해당 여부는 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 중소기업기본법상 요건(규모기준 및 독립성기준) 충족 여부로 판단합니다. 신설법인은 양도일 현재를 기준으로 합니다.

지방소득세 양도소득세액의 10%가 개인지방소득세로 별도 부과되며, 신고·납부 기한은 양도소득세와 같습니다.

5. 신고·납부 기한

예정신고 — 양도소득세 및 증권거래세 공통 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내입니다.

• 상반기(1월~6월) 양도분: 그 해 8월 31일까지
• 하반기(7월~12월) 양도분: 다음 해 2월 말일까지

2026년 상반기 양도분의 기한은 2026년 8월 31일(월요일)입니다. 기한 말일이 공휴일·토요일인 경우 그 다음 날이 기한이 됩니다. 같은 반기에 여러 건을 양도한 경우, 최종 제출한 신고서에 해당 반기 거래 전체를 포함하여 신고해야 합니다.

확정신고 — 해당하는 경우에만 같은 과세기간에 주식을 2회 이상 양도하여 기본공제 적용에 따라 당초 신고한 산출세액이 달라지는 경우에는, 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 해야 합니다.

신고 방법 국세청 홈택스 전자신고로 처리할 수 있습니다. 주요 첨부 서류는 다음과 같습니다.

• 주식양수도계약서
• 대금 지급을 확인할 수 있는 금융거래 증빙
• 취득 당시 계약서 또는 주금 납입 증빙
• 주식등변동상황명세서(법인 보관분) 등

6. 주요 세무 리스크

기한 경과 시 가산세 양도소득세와 증권거래세 모두 다음 가산세가 적용됩니다.

• 무신고: 납부세액의 20%
• 무신고(부정행위): 납부세액의 40%
• 과소신고: 과소신고세액의 10%
• 과소신고(부정행위): 과소신고세액의 40%
• 납부지연: 미납세액 × 미납일수 × 0.022%

기한 후 신고 또는 수정신고를 하면 신고 관련 가산세를 일부 감면받을 수 있으나, 납부지연가산세는 일수에 비례해 계속 늘어나므로 조속한 신고가 유리합니다.

특수관계인 간 거래 — 기준금액이 세목별로 다름 가족·임원 등 특수관계인과 시가와 다른 가격으로 거래하면 두 가지 과세가 동시에 발생할 수 있습니다.

• 양도소득세(부당행위계산부인) — 시가와 대가의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우, 시가로 양도한 것으로 보아 양도소득세를 재계산합니다.
• 증여세(저가 양수·고가 양도에 따른 이익의 증여) — 시가와 대가의 차액이 ’시가의 30%’와 ‘3억원’ 중 적은 금액 이상인 경우, 그 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 봅니다.

양도세 기준(5%)이 증여세 기준(30%)보다 훨씬 엄격합니다. “증여세가 나오지 않는 범위”라고 판단한 거래에서도 양도세는 시가 기준으로 재계산될 수 있습니다.

특수관계가 없는 자 사이의 거래라도, 거래 관행상 정당한 사유 없이 시가와 30% 이상 차이 나면 그 차액에서 3억원을 뺀 금액에 증여세가 과세될 수 있습니다. 증권거래세도 시가를 기준으로 재산정될 수 있습니다.

비상장주식의 시가는 매매사례가액 등이 없는 경우 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 산정합니다. 거래 전에 평가액 산정을 먼저 진행할 필요가 있습니다.

부동산 보유 비중이 높은 법인의 주식 법인의 자산에서 부동산이 차지하는 비중이 높으면, 그 주식이 ’주식’이 아닌 ’기타자산’으로 분류되어 위 단일세율이 아닌 누진세율(6%~45%)이 적용될 수 있습니다. 해당 여부는 자산 구성비, 주주의 지분율, 양도 비율 등을 함께 따져야 하므로 사전 검토가 필요합니다(소득세법 제94조 제1항 제4호).

양도차익이 없어도 신고 손실이 발생했거나 취득가액과 같은 금액으로 양도해 납부할 세액이 없더라도, 양도소득세 신고서는 제출해야 합니다. 증권거래세는 손익과 무관하게 실제로 납부해야 합니다.

7. 자가 점검 방법

신고 대상 여부와 진행 상황은 홈택스에서 직접 확인할 수 있습니다.

• 홈택스 로그인 → 세금신고 → 양도소득세 → 예정신고
• 홈택스 로그인 → 세금신고 → 증권거래세 → 반기신고

상장법인 대주주나 K-OTC 거래자에게는 국세청이 예정신고 안내문을 발송하지만, 그 외 장외거래·비상장주식 거래는 자료 수집 시점 차이로 안내문 발송 대상에서 제외되는 경우가 많습니다. 안내문을 받지 못했더라도 신고 의무는 그대로 존재하므로, 안내문 수령 여부로 신고 대상 여부를 판단할 수 없습니다.

작성 기준

작성 기준일: 2026년 8월

• 2026년 1월 1일 이후 양도분부터 코스피·코스닥 증권거래세율이 0.20%로 인상되었으나, 비상장주식은 종전과 같이 0.35%가 적용됩니다.
• 비상장법인의 대주주 시가총액 기준은 10억원으로, 2024년부터 50억원으로 완화된 상장법인 기준과 다릅니다.

이 글은 2026년 8월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성한 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.