중소기업 취업자 소득세 감면 안내 (회사 실무 처리 절차 중심)

중소기업에 취업한 청년(15~34세), 60세 이상자, 장애인, 경력단절 근로자는 취업일부터 3년(청년은 5년)간 근로소득세의 70%(청년은 90%)를 연간 200만원 한도로 감면받을 수 있습니다.

근로자가 감면신청서를 회사에 제출하면, 회사는 신청을 받은 달의 다음 달 10일까지 감면대상명세서를 관할 세무서에 제출해야 합니다.

회사가 감면 대상 업종의 중소기업이어야 하고, 임원·최대주주와 그 특수관계인·일용근로자 등은 근로자 요건을 갖추어도 제외됩니다. 요건에 맞지 않는 근로자에게 감면을 적용한 사실이 확인되면, 적게 징수된 세액의 105%가 추징됩니다.

1. 관련 법령

• 조세특례제한법 제30조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면)
• 조세특례제한법 제29조의8 제2항(통합고용세액공제 — 경력단절 근로자의 정의)
• 조세특례제한법 시행령 제27조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 — 대상자·제외자·대상 업종·신청 절차)
• 조세특례제한법 시행규칙 별지 제11호 서식(중소기업 취업자 소득세 감면신청서 — 근로자가 회사에 제출)
• 조세특례제한법 시행규칙 별지 제11호의2 서식(중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서 — 회사가 세무서에 제출)

2. 감면 대상 근로자 (근로계약 체결일 기준)

청년 근로계약 체결일 현재 15세 이상 34세 이하인 사람. 감면율 90%, 감면기간 취업일부터 5년, 한도 과세기간별 200만원.

현역병(상근예비역·의무경찰·의무소방원 포함), 사회복무요원, 현역 장교·준사관·부사관으로 복무한 기간은 최대 6년까지 연령에서 차감하여 34세 이하 여부를 판단합니다.

청년이 병역을 마친 뒤 1년 이내에 병역 이행 전 근무하던 중소기업에 복직하는 경우, 복직일부터 2년이 되는 날(복직일이 최초 취업일부터 5년 이내이면 최초 취업일부터 7년이 되는 날)까지 감면됩니다. (2025년 3월 14일 신설)

60세 이상자 근로계약 체결일 현재 60세 이상인 사람. 감면율 70%, 감면기간 취업일부터 3년, 한도 과세기간별 200만원.

장애인 다음 중 어느 하나에 해당하는 사람입니다.

• 장애인복지법의 적용을 받는 장애인
• 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률에 따른 상이자
• 5·18민주유공자예우 및 단체설립에 관한 법률에 따른 5·18민주화운동부상자
• 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람

감면율 70%, 감면기간 취업일부터 3년, 한도 과세기간별 200만원.

경력단절 근로자 다음 요건을 모두 충족하는 사람입니다 (남녀 불문).

• 임금을 목적으로 한 기업에서 1년 이상 계속 근로(근로소득세 원천징수 사실이 확인되는 경우에 한함)한 후 결혼·임신·출산·육아·자녀교육·가족돌봄의 사유로 퇴직하였을 것
• 퇴직한 날부터 2년 이상 15년 미만의 기간이 지났을 것
• 취업하는 중소기업의 최대주주(개인사업자는 대표자) 또는 그 특수관계인이 아닐 것

감면율 70%, 감면기간 취업일부터 3년, 한도 과세기간별 200만원. 2025년 3월 14일 이후 취업분부터 남성 근로자도 대상이며, 그 이전 취업자는 종전 “경력단절 여성” 요건으로 판단합니다.

감면기간 계산 원칙 감면기간은 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산합니다. 다른 중소기업으로 이직하거나 같은 회사에 재취업하더라도, 합병·분할·사업 양도로 고용이 승계되더라도 최초 취업일 기준이 유지됩니다. 감면을 신청하지 않고 지난 공백 기간도 감면기간에 포함됩니다.

3. 감면 제외 대상

근로자 기준 — 요건을 갖추어도 제외되는 사람

• 법인세법 시행령 제40조 제1항에 따른 임원
• 해당 기업의 최대주주·최대출자자(개인사업자는 대표자)와 그 배우자
• 위 최대주주 등의 직계존속·직계비속(그 배우자 포함) 및 국세기본법 시행령상 친족관계인 사람
• 소득세법상 일용근로자
• 국민연금 부담금·기여금 또는 건강보험 직장가입자 보험료의 납부 사실이 확인되지 않는 사람

법령상 국민연금·건강보험 가입 대상에서 제외되는 사람은 납부 사실이 없어도 감면 대상이 될 수 있습니다.

회사 기준 — 대상 업종을 “열거”하는 방식 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업(비영리기업 포함)으로서, 아래 업종을 주된 사업(신고수입금액이 가장 큰 사업)으로 영위해야 합니다. 업종은 한국표준산업분류표에 따라 판단합니다.

• 농업·임업·어업, 광업, 제조업
• 전기·가스·증기 및 공기조절 공급업
• 수도·하수 및 폐기물처리·원료재생업, 건설업
• 도매 및 소매업
• 운수 및 창고업 (통관업 제외)
• 숙박 및 음식점업 (주점 및 비알코올 음료점업 제외)
• 정보통신업 (비디오물 감상실 운영업, 가상자산 매매 및 중개업 제외)
• 부동산업 (부동산 임대업 제외)
• 연구개발업, 광고업, 시장조사 및 여론조사업
• 건축기술·엔지니어링 및 기타 과학기술 서비스업
• 기타 전문·과학 및 기술 서비스업 (수의업 제외)
• 사업시설 관리·사업 지원 및 임대 서비스업
• 기술 및 직업훈련학원, 컴퓨터 학원
• 사회복지 서비스업, 개인 및 소비용품 수리업
• 창작 및 예술 관련 서비스업
• 도서관·사적지 및 유사 여가 관련 서비스업, 스포츠 서비스업

따라서 금융·보험업, 법무·회계·세무 등 전문 서비스업, 병원·의원 등 보건업, 교육 서비스업(위 학원 제외), 주점업 등은 대상이 아닙니다.

통관업, 가상자산 매매 및 중개업, 수의업, 부동산 임대업은 2025년 2월 28일 이후 취업자부터 제외됩니다. 그 이전 취업자는 종전 규정에 따라 감면이 계속 적용됩니다. 국가·지방자치단체, 공공기관, 지방공기업은 제외됩니다.

중소기업이 규모 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 중소기업기본법상 유예기간(2024년 8월 21일부터 5년) 동안은 중소기업으로 보아 감면이 유지됩니다.

4. 회사(원천징수의무자)의 처리 절차

1단계 — 근로자로부터 감면신청서 접수 근로자가 “중소기업 취업자 소득세 감면신청서”(별지 제11호 서식)를 작성하여 회사에 제출합니다. 근로자 제출기한은 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지입니다.

첨부서류(해당 시)는 다음과 같습니다.

• 청년 군필자: 병적증명서 등 병역복무기간 증명서류
• 장애인: 장애인등록증 등 장애 증명서류
• 경력단절 근로자: 이전 직장 근로 및 퇴직 사유 확인서류
• 이직자: 이전 직장 원천징수영수증(최초 취업일·감면 이력 확인용)

근로자가 기한을 넘겨 제출하더라도 감면 적용 자체는 가능합니다. 다만 회사가 매월 원천징수 시 감면율을 적용하는 것은 신청서를 받은 달의 다음 달부터이므로, 그 전 기간은 연말정산에서 정산합니다. 이미 퇴직한 근로자는 회사를 거치지 않고 본인 주소지 관할 세무서장에게 직접 감면 신청을 할 수 있습니다.

2단계 — 회사의 요건 검토

• 회사 요건: 중소기업 해당 여부, 주된 사업의 감면 대상 업종 여부
• 근로자 요건: 근로계약 체결일 기준 연령(병역 차감 포함), 장애 또는 경력단절 요건, 임원·최대주주 특수관계 여부, 일용근로자 여부, 국민연금·건강보험 직장가입 여부
• 이직자: 이전 회사에서의 최초 취업일과 감면 적용 이력을 확인하여 잔여 감면기간을 계산

3단계 — 감면 대상 명세서 세무서 제출 회사는 “중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서”(별지 제11호의2 서식)를 원천징수 관할 세무서장에게 제출합니다.

• 제출기한: 감면 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지
• 제출방법: 홈택스 전자제출 또는 관할 세무서 서면 제출

4단계 — 매월 원천징수 반영 신청서를 받은 달의 다음 달부터 간이세액표에 따른 소득세에 감면율(90% 또는 70%)을 적용하여 차감한 금액을 원천징수합니다. 원천징수이행상황신고서의 “인원”과 “총지급액”에는 감면 대상자를 포함하여 신고합니다. 연말정산 시 최종 감면세액을 확정하고, 매월 감면을 적용하지 못한 기간분은 연말정산에서 정산합니다.

명세서 제출은 직원별 최초 1회로 종료 명세서는 해당 직원에 대해 최초 신청 시 한 번만 제출하면 되며, 매월 급여 지급 시나 매년 연말정산 시마다 세무서에 다시 제출할 필요가 없습니다.

명세서 제출 후 해당 직원의 감면기간(청년 5년, 그 외 3년)이 끝날 때까지 회사는 다음만 처리하면 됩니다.

• 매월 급여: 원천징수 소득세에 감면율만큼 차감 적용
• 연말정산: 급여·연말정산 프로그램에서 해당 직원을 “중소기업 취업자 소득세 감면 대상자”로 설정하고, 연간 200만원 한도 내에서 감면세액을 반영

세무서는 요건 미충족이 확인된 경우에만 회사에 통지하며, 문제가 없으면 별도 통보가 없습니다. 접수 여부는 홈택스 제출내역 조회로 확인합니다.

직원 이직 시 감면 적용 중인 직원이 퇴사하여 다른 중소기업으로 이직하면, 새로 취업한 회사에 다시 감면신청서를 제출하고 그 회사가 명세서를 제출해야 남은 감면기간에 대해 감면이 이어집니다. 종전 회사는 추가로 처리할 사항이 없습니다.

이직 시 새 회사 취업일 기준 연령 요건은 다시 따지지 않으며, 최초 취업 시 요건을 충족했으면 잔여기간 동안 계속 적용됩니다.

신청서·증빙서류 보관 직원이 제출한 감면신청서 원본과 증빙서류(병적증명서, 장애인등록증, 주민등록등본 등)는 세무서에 제출하지 않고 회사가 자체 보관합니다. 세무서에는 홈택스를 통해 명세서 내용만 전송합니다.

사후 검증에 대비하여 감면기간 종료 후에도 국세 부과제척기간을 고려해 최소 5년 이상 보관을 권합니다.

5단계 — 감면 근로자 퇴직 시 통지 감면 요건에 해당하지 않는 것으로 통지받은 근로자가 퇴직한 경우, 회사는 “감면 부적격 대상 퇴직자 명세서”(별지 제11호의3 서식)로 원천징수 관할 세무서장에게 그 사실을 통지해야 합니다.

5. 실무 유의사항

감면세액 계산 방식 감면소득 외 다른 종합소득이 있으면 산출세액을 감면소득 비율로 안분한 뒤 감면율을 적용하며, 어느 경우든 과세기간별 200만원이 한도입니다. 근로소득세액공제는 감면비율만큼 줄여서 적용합니다(근로소득세액공제액 × (1 − 감면세액 ÷ 산출세액)).

이직 시 감면기간 감면기간은 최초 감면 취업일부터 기산하므로, 이직 후 새 회사에서 다시 5년(3년)이 시작되지 않습니다. 새 회사는 이전 회사의 원천징수영수증으로 최초 취업일과 감면 이력을 확인해야 합니다.

과거 연도 누락분 회사가 명세서를 제출하지 않았거나 연말정산에 감면을 반영하지 못한 경우, 근로자는 해당 연도 종합소득세 확정신고 기한 경과 후 5년 이내에 경정청구로 환급받을 수 있습니다.

2011년 이전 취업자의 재취업 2011년 12월 31일 이전에 중소기업에 취업한 사람(경력단절 근로자 제외)이 2012년 이후 계약기간 연장 등의 방식으로 같은 회사에 재취업하는 경우에는 감면이 적용되지 않습니다.

6. 주요 세무 리스크

부적격자 감면 적용 시 105% 추징 관할 세무서장이 감면 신청 근로자가 요건에 해당하지 않음을 확인하면 회사에 통지하며, 회사는 통지일 이후 급여 지급 시 당초 징수했어야 할 세액에 미달한 금액의 105%를 원천징수세액에 더하여 징수해야 합니다.

퇴직한 근로자나 세무서에 직접 신청한 근로자의 경우에는 근로자 주소지 관할 세무서장이 과소징수액의 105%를 즉시 부과·징수합니다. 감면신청서를 사실과 다르게 작성한 경우 가산세가 추가될 수 있습니다.

회사 업종·규모 오판 주된 사업이 감면 대상 업종인지는 사업자등록증 업종이 아니라 실제 신고수입금액이 가장 큰 사업을 기준으로 판단합니다. 겸업 회사는 매년 주된 사업이 바뀔 수 있으므로 확인이 필요합니다.

특수관계인 누락 최대주주의 배우자·직계존비속·친족은 근로자 요건을 갖추어도 감면 대상이 아닙니다. 가족 기업에서 자녀 채용 시 특히 유의해야 합니다.

7. 자가 점검 방법

회사 — 중소기업 해당 여부 중소기업현황정보시스템(sminfo.mss.go.kr) → 중소기업 확인서 발급 또는 조회로 중소기업 해당 여부를 확인할 수 있습니다.

회사 — 명세서 제출 홈택스 로그인 → 지급명세서·자료제출·공익법인 → 중소기업 취업자 소득세 감면 명세서 제출 메뉴에서 전자제출하고, 제출 내역 조회로 접수 여부를 확인합니다.

근로자 — 명세서 접수 및 감면 적용 여부 홈택스 로그인 → 나의 홈택스 → 나의 소득·연말정산 → 중소기업 취업자 감면 명세 조회에서 회사가 제출한 명세서의 접수 여부와 감면기간을 확인할 수 있습니다.

실제 감면세액은 근로소득 원천징수영수증의 “중소기업 취업자 소득세 감면” 란에서 확인하며, 이직자는 이 서류로 최초 취업일과 감면 이력을 증명합니다.

작성 기준

작성 기준일: 2026년 9월

• 2025년 2월 28일 이후 취업자부터 통관업·가상자산 매매 및 중개업·수의업·부동산 임대업이 감면 대상 업종에서 제외되었습니다(시행령 개정).
• 2025년 3월 14일 법 개정으로 “경력단절 여성”이 “경력단절 근로자”로 변경되어 남성 근로자도 대상에 포함되고, 청년의 병역 이행 후 복직 시 감면기간 특례가 신설되었습니다.
• 현행 법령상 적용기한은 2026년 12월 31일 취업자까지입니다.

이 글은 2026년 9월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성한 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.