[케이스 사례] 평가액 10억 원 건설법인 주식을 2억 원에 넘겼다면 - 비상장주식 저가양도의 세무위험

상증세법상 평가액 10억 원인 비상장주식을 2억 원에 넘기면, 그 상대방이 특수관계인인지 아닌지에 따라 세부담이 2,215만 원에서 2억 9,381만 원까지 열세 배 넘게 벌어집니다.

특수관계인 거래라면 판 사람은 시가 10억 원으로 양도소득세를 다시 계산당하고(부당행위계산 부인), 산 사람 4명은 각자 저가양수 증여세를 따로 물어, 실제로 받은 대금 2억 원보다 세금이 더 커지는 역전이 일어납니다.

비특수관계자라면 4명이 균등하게 나눠 사는 한 계산상 증여세는 나오지 않지만, 지분이 한 사람에게 쏠리는 순간 증여세가 되살아나고, 명의신탁 혐의 조사라는 훨씬 큰 위험이 남습니다.

건설법인은 여기에 더해 자산 중 부동산 비중에 따라 세율이 20~~25%에서 6~~45%로 뛰고 신고기한까지 달라지므로, 거래 전에 재무제표부터 확인해야 합니다.

1. 사례 개요

거래 구조

A건설(주): 비상장 중소기업, 종합건설업 등록 법인
발행주식: 20,000주
상증세법상 보충적 평가액: 1주 50,000원, 총 10억 원
양도인 甲: 지분 100% 보유, 취득가액 1억 원(설립 시 출자)
거래 내용: 甲이 전량을 4명에게 각 5,000주(25%)씩, 1주 10,000원에 매각. 총 대금 2억 원(시가의 20%)

분석 전제

A건설의 자산총액 중 토지·건물 등 부동산 비중은 40%로 가정합니다. (부동산 비중이 50% 이상인 경우는 아래 5번에서 따로 다룹니다)
甲은 지분 100% 보유자이므로 세법상 대주주에 해당합니다.
증여세 계산은 증여재산공제와 신고세액공제를 반영하기 전 금액입니다. 실제 세액은 양도인과의 친족관계에 따라 달라집니다.

갈림길은 하나

같은 거래인데 세금이 완전히 달라지는 지점은 딱 하나, 甲과 매수인 4명이 세법상 특수관계인인가입니다.

※ 특수관계인은 6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척, 배우자(사실혼 포함), 임원·사용인 등 경제적 연관관계까지 포함합니다. “가족이 아니니 남”이라는 판단은 자주 틀립니다.

2. 시나리오 A — 비특수관계자 4명에게 판 경우

甲(파는 사람)의 세금

양도소득세 부당행위계산 부인은 특수관계인 간 거래에만 적용됩니다. 따라서 실제 거래한 2억 원이 그대로 양도가액이 됩니다.

양도가액: 2억 원
취득가액: 1억 원
양도차익: 1억 원
양도소득 기본공제: 250만 원
과세표준: 9,750만 원
세율(대주주, 3억 이하): 20%
양도소득세: 1,950만 원
지방소득세(10%): 195만 원
증권거래세(2억 × 0.35%): 70만 원
합계: 2,215만 원

※ 다만 이 거래가 “거래의 관행상 정당한 사유 없는 저가양도”로 인정되면 증권거래세 과세표준도 시가 10억 원으로 재산정되어 350만 원이 될 수 있습니다(증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목). 보수적으로는 이 가능성을 열어두고 검토해야 합니다.

매수인 4명의 증여세 — 균등 인수라면 0원

비특수관계자 간 저가양수는 차액이 시가의 30% 이상일 때 과세요건이 성립하고, 증여재산가액을 계산할 때는 3억 원을 단일 공제합니다. 특수관계인처럼 “시가의 30%와 3억 원 중 적은 금액”을 빼는 것이 아닙니다.

1인당 시가: 10억 원 × 25% = 2억 5,000만 원
1인당 대가: 2억 원 × 25% = 5,000만 원
1인당 차액: 2억 원
과세요건 판정: 2억 원 ≥ 2억 5,000만 원 × 30%(7,500만 원) → 요건 충족
증여재산가액: 2억 원 - 3억 원 = 음수
증여세: 0원

그러나 지분이 한 사람에게 쏠리면 되살아납니다

증여세는 수증자 1인 기준으로 계산되므로, 인수 비율이 바뀌면 결과가 완전히 달라집니다.

1인이 70%(14,000주)를 1억 4,000만 원에 인수한 경우

해당 인의 시가: 7억 원
차액: 5억 6,000만 원
증여재산가액: 5억 6,000만 원 - 3억 원 = 2억 6,000만 원
증여세 산출세액: 2억 6,000만 원 × 20% - 1,000만 원 = 4,200만 원

※ 4명 균등 인수로 증여세를 0원으로 만드는 구조는, 뒤집어 말하면 지분율 설계만으로 세금이 사라지는 구조입니다. 과세관청이 가장 먼저 들여다보는 지점이 바로 이 부분입니다.

정당한 사유의 입증책임

비특수관계자 간 저가거래에 증여세를 매기려면 “거래의 관행상 정당한 사유가 없다”는 점이 인정되어야 하고, 대법원은 이 점의 입증책임이 과세관청에 있다고 판시했습니다(대법원 2011두22075, 2011.12.22.).

※ 다만 입증책임이 과세관청에 있다는 것과 조사를 받지 않는다는 것은 다른 이야기입니다. 실무에서는 납세자가 먼저 합리적 자료를 제시하지 못하면 과세로 이어지는 경우가 많습니다.

3. 시나리오 B — 특수관계인 4명에게 판 경우

甲의 양도소득세 — 시가 10억 원으로 재계산

특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 양도하고, 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상이면 부당행위계산 부인이 적용됩니다(소득세법 시행령 제167조 제3항).

판정: 차액 8억 원 ≥ 3억 원 → 적용 (시가 10억 원의 5%인 5,000만 원 기준으로도 충족)

의제 양도가액: 10억 원
취득가액: 1억 원
양도차익: 9억 원
양도소득 기본공제: 250만 원
과세표준: 8억 9,750만 원

세액 계산(대주주 세율)

3억 원 이하분: 3억 원 × 20% = 6,000만 원
3억 원 초과분: 5억 9,750만 원 × 25% = 1억 4,937만 5,000원
양도소득세 산출세액: 2억 937만 5,000원
지방소득세(10%): 2,093만 7,500원

당초 2억 원 기준으로 신고했다면 납부액은 1,950만 원이므로, 추가 본세만 1억 8,987만 5,000원이 추징됩니다. 여기에 과소신고가산세가 붙습니다.

일반 과소신고(10%): 1,898만 7,500원
부정행위 과소신고(40%): 7,595만 원
납부지연가산세: 별도(아래 4번 참조)

증권거래세도 시가 기준

상증세법 제35조 또는 소득세법 제101조에 따라 시가보다 낮게 양도된 것으로 인정되면, 증권거래세 과세표준도 시가로 재산정됩니다.

과세표준 10억 원 × 0.35% = 350만 원
당초 신고 70만 원 → 추가 280만 원 및 가산세

매수인 4명의 저가양수 증여세

특수관계인 간 거래에서는 공제액이 “시가의 30%와 3억 원 중 적은 금액”이므로, 지분을 쪼개도 과세를 피할 수 없습니다.

1인당 시가: 2억 5,000만 원
1인당 대가: 5,000만 원
1인당 차액: 2억 원
기준금액: min(2억 5,000만 원 × 30%, 3억 원) = 7,500만 원
과세요건 판정: 2억 원 ≥ 7,500만 원 → 요건 충족
1인당 증여재산가액: 2억 원 - 7,500만 원 = 1억 2,500만 원
1인당 증여세 산출세액: 1억 2,500만 원 × 20% - 1,000만 원 = 1,500만 원
4명 합계: 6,000만 원

※ 위 금액은 증여재산공제 반영 전입니다. 양도인이 직계존비속이면 5,000만 원, 기타친족이면 1,000만 원을 공제한 뒤 계산하며, 기한 내 신고 시 산출세액의 3%를 신고세액공제로 차감합니다. 반대로 10년 이내 동일인으로부터 받은 증여가 있으면 합산되어 세율 구간이 올라갑니다.

알아두어야 할 두 가지

부당행위계산 부인과 저가양수 증여세는 이중과세가 아닙니다. 판 사람의 소득과 산 사람이 얻은 이익은 별개의 과세대상이므로 양쪽에 동시에 과세됩니다.
증여세가 과세된 저가양수분은 매수인이 나중에 그 주식을 팔 때 취득가액에 가산됩니다. 위 사례에서 매수인 1인의 향후 취득가액은 대금 5,000만 원에 증여재산가액 1억 2,500만 원을 더한 1억 7,500만 원이 됩니다.

4. 두 시나리오 세부담 비교

시나리오 A(비특수관계) → 시나리오 B(특수관계인)

양도소득세: 1,950만 원 → 2억 937만 5,000원
지방소득세: 195만 원 → 2,093만 7,500원
증권거래세: 70만 원 → 350만 원
증여세(4인 합계): 0원 → 6,000만 원
합계: 2,215만 원 → 2억 9,381만 2,500원

※ 시나리오 B의 합계 2억 9,381만 원은 甲이 실제 받은 대금 2억 원을 넘어섭니다. 가산세는 여기에 추가됩니다.

가산세 계산 시 유의점

납부지연가산세는 2026년 7월 1일부터 구간이 나뉘었습니다.

자진납부 구간(고지 전): 1일 10만분의 22 (0.022%)
고지서 지정납부기한 경과 후: 월 1만분의 67 (0.067%)

※ 2026.2.27. 국세기본법 시행령 개정, 2026.7.1. 시행

과소신고가산세는 일반 10%, 부정행위에 해당하면 40%입니다. 이면계약이나 차명거래가 확인되면 부정행위로 보아 40%가 적용되고, 국세 부과제척기간도 10년으로 늘어납니다.

5. 건설법인이라 달라지는 것

부동산 비중 50%를 넘으면 세율 체계가 바뀝니다

건설업은 사업용 부지, 현장 자산, 미분양 재고 등으로 자산 중 부동산 비중이 높아지기 쉽습니다. 다음 세 요건을 모두 충족하면 그 주식은 일반 주식이 아니라 기타자산으로 분류됩니다.

법인의 자산총액 중 토지·건물 등 부동산의 비율이 50% 이상
주주 1인과 기타주주의 지분 합계가 50% 초과(과점주주)
그 과점주주가 과점주주 외의 자에게 발행주식의 50% 이상을 양도 (양도일로부터 소급 3년 내 양도분을 합산해 판정)

기타자산에 해당하면 주식 세율(10~~25%)이 아니라 종합소득세와 같은 기본세율(6~~45%)이 적용됩니다. 같은 과세표준으로 비교하면 차이가 이만큼 벌어집니다.

과세표준 8억 9,750만 원 기준

대주주 주식 세율 적용: 2억 937만 5,000원
기본세율 적용: 3억 4,101만 원
차이: 1억 3,163만 5,000원

※ 부동산과다보유법인은 주식 평가 방식도 달라집니다. 일반 법인은 순손익가치와 순자산가치를 3 대 2로 가중평균하지만, 부동산과다보유법인은 2 대 3으로 역전됩니다. 어느 경우든 가중평균액이 순자산가치의 80%에 미치지 못하면 순자산가치의 80%를 평가액으로 합니다.

실적과 면허는 승계되지만, 부채도 함께 갑니다

주식 양수도는 법인격이 그대로 유지되므로 시공실적과 건설업 등록이 살아 있다는 것이 최대 장점입니다. 그러나 같은 이유로 다음이 전부 매수인에게 넘어갑니다.

미지급 공사대금과 하도급대금
준공 현장의 하자보수 책임과 하자담보책임기간
산업재해 이력과 그에 따른 입찰참가자격 제한
소송 및 분쟁 진행 상황
우발채무(지급보증, 연대보증 등)

※ 이 때문에 실사 결과 확인된 우발채무는 주식 가치를 깎는 근거가 되며, 저가거래의 정당한 사유를 구성하는 핵심 자료가 됩니다.

건설공제조합 권리·의무 확인

출자좌수와 지분평가액, 출자증권의 담보제공 현황, 융자금 잔액, 진행 중인 공사의 계약·하자·선급금 보증 잔액을 반드시 확인해야 합니다. 출자증권이 이미 담보로 잡혀 있으면 실질 가치가 장부와 크게 다릅니다.

실질자본금과 등록기준

주식 매매만으로 자본금이 변동하지는 않지만, 결산 시 실질자본금이 업종별 등록기준에 미달하면 영업정지 처분 대상이 됩니다. 인수 시점에 가결산으로 미리 점검하는 것이 안전합니다.

등록사항 변경신고 — 대상과 기한을 정확히

건설업 등록증·등록수첩의 기재사항이 바뀌면 변경일부터 30일 이내에 영업소 관할 시·군·구청 및 소관 협회에 신고해야 하며, 기한을 넘기면 50만 원 이하의 과태료가 부과됩니다.

신고 대상: 상호, 대표자, 영업소 소재지, 법인(주민)등록번호, 국적 또는 소속국가명

※ 임원 변경과 주주 변경 자체는 기재사항 변경신고 대상이 아닙니다. 다만 주식 양수도에 따라 대표자가 함께 바뀌는 경우가 대부분이므로 실무상 신고 대상이 되는 경우가 많습니다.

※ 주식 양수도는 법인격이 유지되므로 건설업 양도신고 대상이 아닙니다. 영업양수도와 혼동하지 않아야 합니다.

6. 신고·납부 기한

양도소득세 예정신고

일반 비상장주식과 기타자산의 기한이 다릅니다. 이 구분을 놓치면 기한 착오로 무신고가 됩니다.

일반 비상장주식: 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 (상반기 양도 → 8월 31일 / 하반기 양도 → 다음 해 2월 말일)
기타자산(부동산과다보유법인 주식 등): 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월

※ 신고기한과 납부기한은 같은 날입니다.

※ 같은 해에 2회 이상 양도한 경우 등은 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 별도로 해야 합니다.

증권거래세

양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 양도인이 직접 신고·납부합니다. 세율은 비상장주식 0.35%입니다.

지방소득세(양도소득분)

양도소득세 산출세액의 10%를 양도소득세 신고·납부기한과 같은 기한에 관할 지방자치단체(위택스)에 신고·납부합니다.

증여세

저가양수로 증여세 과세대상이 되는 매수인은 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 주소지 관할 세무서에 신고·납부합니다.

7. 조사에서 실제로 문제되는 세 가지

명의신탁 의심 — 가장 무거운 위험

4명이 실제로는 甲의 지인이나 직원으로서 이름만 빌려준 것으로 확인되면, 저가양도가 아니라 명의신탁으로 재구성됩니다. 이 경우 증여의제가 적용되어 명의개서한 주식 가액 전체에 증여세가 부과됩니다.

※ 2019년 1월 1일 이후 증여의제분부터는 명의를 빌려준 사람이 아니라 실제소유자, 즉 주식을 넘긴 甲이 증여세 납세의무자입니다. “명의만 빌려준 사람에게 세금이 간다”는 종전 인식은 이미 바뀌었습니다. 조세범 처벌법에 따른 고발 가능성도 있습니다.

이면계약 및 다운계약 조사

계약서상 2억 원과 별개로 현금이나 다른 자산이 오갔는지 계좌를 추적합니다. 확인되면 시가 기준 양도소득세에 부정행위 과소신고 가산세 40%와 납부지연가산세가 더해집니다.

숨은 특수관계 확인

사실혼 관계, 임원·사용인 관계, 지배적 영향력을 행사하는 법인을 통한 간접 관계 등이 확인되면 시나리오 A로 신고한 건이 그대로 시나리오 B로 재계산됩니다. 형식상 남이어도 세법상 특수관계인인 경우가 실무에서 자주 발견됩니다.

8. 정당한 사유를 문서로 남기는 방법

낮은 가격이 합리적이었다는 점은 거래 시점의 자료로만 증명됩니다. 사후에 만든 자료는 신뢰받기 어렵습니다.

가치 하락의 객관적 근거

회계법인 또는 세무법인의 기업실사 보고서
우발채무·하자보수충당·미수채권 손상 내역과 산출 근거
진행 현장의 손실 예상액을 반영한 추정 재무제표
소송·분쟁·행정처분 관련 서류

가격 결정 과정의 기록

복수 매수 후보와의 협상 경과, 매각 시도 이력
이사회 의사록 또는 주주 간 협의 기록
가격 산정 근거를 담은 평가 자료

자금 흐름의 투명성

매수인 각자 본인 계좌에서 甲 계좌로의 이체 기록
매수인별 자금 출처 소명자료(급여, 대출, 자산 처분 등)
차입금이 있다면 차용증, 이자 지급 내역, 상환 계획

독립성 증명

매도인과 매수인 사이에 혈족·인척·임원·사용인 관계가 없음을 확인할 수 있는 자료
인수 후 실제로 경영에 참여한 기록(등기, 급여, 업무 이력)

9. 거래 전 자가 점검

부동산 비중 확인 — 세율과 신고기한을 좌우합니다

직전 사업연도 재무상태표에서 (토지 + 건물 + 구축물 등 부동산 관련 자산) ÷ 자산총액 이 50% 이상인지 계산해 봅니다. 50%에 근접한다면 세무대리인의 정밀 판정이 필요합니다.

특수관계 여부 확인

매수인 4명 각각에 대해 다음을 확인합니다. 6촌 이내 혈족 / 4촌 이내 인척 / 배우자(사실혼 포함) / 임원·사용인 및 생계를 함께하는 자 / 지배적 영향력을 행사하는 법인을 매개로 한 관계

평가액 확인

홈택스 로그인 → 세금신고 → 상속·증여세 신고 → 비상장주식 평가 화면에서 최근 3개 사업연도 손익과 순자산으로 보충적 평가액을 시산해 볼 수 있습니다.

※ 산출값은 참고용입니다. 영업권 평가, 자기주식, 최대주주 할증(중소기업은 제외) 등은 별도 검토가 필요합니다.

신고 이력 확인

홈택스 로그인 → My홈택스 → 신고내역에서 양도소득세와 증권거래세 신고 여부 및 기한을 확인할 수 있습니다.

작성 기준

작성 기준일: 2026년 9월

명의신탁 증여의제 납세의무자 규정을 반영했습니다. (2019.1.1. 이후 증여의제분부터 실제소유자가 납세의무자)
납부지연가산세 이원화를 반영했습니다. (2026.2.27. 국세기본법 시행령 개정, 2026.7.1.부터 고지 후 지정납부기한 경과분은 월 1만분의 67)

이 글은 2026년 9월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성한 일반적인 정보 제공 자료입니다. 본문의 세액은 사례의 가정에 따른 계산이며, 실제 평가액·취득가액·지분구조·친족관계에 따라 결과가 달라집니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.