여러 필지 토지를 한 번에 팔 때, 필지별 양도가액은 어떻게 나눌까
핵심 요약
여러 필지의 토지를 하나의 계약으로 일괄 양도한 경우, 계약 당시 당사자가 객관적 근거에 따라 필지별 가액을 구분해 정했다면 그 가액을 필지별 양도가액으로 봅니다.
계약서에 총액만 있거나 구분이 불분명하면, 감정평가가액 비율 또는 필지별 기준시가(개별공시지가 × 면적) 비율로 총액을 나눕니다.
실무에서 가장 많이 하는 실수는 부동산거래계약신고필증에 적힌 필지별 금액을 그대로 양도가액으로 신고하는 것입니다.
등기를 위해 신고필증에만 필지별로 나누어 적은 금액은 실지거래가액으로 인정받기 어렵고, 면적 비율로 나누는 방식도 인정되지 않습니다.
잘못 나누어 신고하면 필지별 세액이 다시 계산되어 과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 부과될 수 있습니다.
1. 필지별 양도가액 산정 기준
원칙: 당사자가 구분한 실제 거래가액
매매계약서 등에 필지별 매매대금(또는 필지별 단가)이 명시되어 있고, 그 구분이 거래 당시 시세·거래관행에 비추어 합리적이라면 계약서상 필지별 금액을 각 필지의 양도가액으로 봅니다.
※ 감면 필지 등 특정 필지에 금액을 몰아준 합리적 근거가 없다면 과세관청이 그 구분을 부인할 수 있습니다.
예외: 구분이 불분명한 경우의 안분 순서
계약서에 총액만 기재되어 있거나 필지별 구분이 불분명하면 「부가가치세법 시행령」 제64조의 방법을 준용하여 안분합니다.
- 1순위: 감정평가법인등의 감정평가가액이 있는 경우 그 감정평가가액 비율
- 2순위: 감정평가가액이 없는 경우 필지별 기준시가 비율
※ 감정평가가액은 부가가치세법 시행령 제64조가 정한 기간 내에 평가된 것이어야 합니다.
기준시가 안분 산식
특정 필지의 양도가액 = 총 일괄양도가액 × (해당 필지의 기준시가 ÷ 전체 필지 기준시가 합계액)
※ 토지의 기준시가 = ㎡당 개별공시지가 × 면적
㎡당 공시지가끼리의 비율이 아니라, 면적을 곱한 기준시가 총액끼리의 비율로 나누어야 합니다.
계산 예시
A필지 1,000㎡, ㎡당 개별공시지가 100,000원 → 기준시가 1억원
B필지 1,000㎡, ㎡당 개별공시지가 300,000원 → 기준시가 3억원
두 필지를 총 8억원에 일괄 양도한 경우
- 면적 비율로 나눈 경우: A 4억원 / B 4억원 (인정되지 않음)
- 기준시가 비율로 나눈 경우: A 2억원 / B 6억원 (세법상 방법)
구분가액이 있어도 ’불분명’으로 보는 경우: 30% 기준
토지와 건물 등을 함께 양도하면서 구분 기재한 가액이 위 방법으로 안분한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나면, 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 법정 방법으로 다시 안분합니다(소득세법 제100조 제3항).
※ 조문은 ’토지와 건물 등’을 대상으로 하지만, 실무상 여러 필지를 일괄 양도하면서 구분한 필지별 가액에 이 기준을 적용하여 과세한 사례가 있습니다. 필지별 구분가액을 정할 때에도 30% 이내로 관리하는 것이 안전합니다.
2. 가장 흔한 실수: 신고필증상 필지별 금액을 그대로 쓰는 경우
흔한 실무 상황
매매계약은 총액으로 체결하고, 실거래가 신고와 소유권이전등기를 위해 부동산거래계약신고필증에만 필지별 금액을 나누어 적는 경우가 많습니다.
이후 양도소득세를 신고할 때 계약서에는 필지별 금액이 없으니 신고필증에 적힌 금액을 그대로 필지별 양도가액으로 옮겨 적는 것이 실무에서 가장 자주 발생하는 실수입니다.
왜 문제가 되나
신고필증상 필지별 금액은 신고·등기 편의를 위해 면적 비율 등 임의 기준으로 나눈 숫자인 경우가 많습니다.
이 금액은 세법이 정한 안분 방법(감정평가가액 또는 기준시가 비율)과 다르므로, 필지마다 공시지가가 다르면 필지별 양도가액이 달라지고 감면·보유기간·세율 차이 때문에 전체 세액도 달라집니다.
과세관청의 시각
계약 당시 필지별 단가나 객관적인 배분 기준에 대한 합의가 없었다면, 신고필증상 금액은 등기 등 행정절차를 위해 총액을 사후적·임의로 나눈 것으로 보아 필지별 실지거래가액으로 인정하지 않는 것이 일반적입니다.
세법은 거래의 형식보다 실질에 따라 적용되므로(국세기본법 제14조), 서류상 기재만으로 필지별 가액이 확정되지 않습니다.
결론
신고필증상 금액대로 신고하더라도, 계약서상 필지별 구분이 없다면 과세관청은 이를 부인하고 기준시가 비율 등 법정 방법으로 다시 계산할 수 있습니다.
필지별 가액을 인정받으려면 계약 당시 필지별로 가액을 달리 정할 수밖에 없었던 객관적 근거(필지별 단가 협상 내역, 계약 전 감정평가서 등)가 필요하며, 이를 입증하기는 실무상 쉽지 않습니다.
3. 실무 유의사항
면적 비율 안분은 인정되지 않습니다
총액을 면적 비율로 나누어 신고하는 실수가 자주 발생합니다. 조세심판원은 일괄 양도한 3필지의 양도가액을 면적 기준으로 안분해야 한다는 주장을 받아들이지 않고, 개별공시지가 등 기준시가로 안분한 처분을 정당하다고 보았습니다(조심2013전0112).
또한 각 필지별 가치의 우열을 구분·특정하지 않고 전체로서 거래가액을 정한 경우, 필지별 양도가액은 기준시가로 안분하는 것이 정당하다는 것이 심판례의 입장입니다(국심2007구5171).
취득가액도 같은 방식으로 맞춥니다
여러 필지를 한꺼번에 취득했는데 필지별 취득가액 구분이 불분명하면 취득가액도 같은 방식(취득 당시 기준시가 비율 등)으로 안분합니다.
공통되는 취득가액과 양도비용은 각 자산의 가액에 비례하여 안분합니다(소득세법 제100조 제2항 후단).
필지별로 세액이 달라지는 이유
필지마다 취득시기, 보유기간, 감면 요건, 사업용 여부가 다를 수 있으므로 필지별 양도가액 배분에 따라 전체 세액이 달라집니다.
감면 대상 필지와 과세 필지를 함께 양도하는 경우 특히 검증 대상이 되기 쉽습니다.
계약 단계에서 준비할 것
필지별 가액을 달리 정할 사정이 있다면, 매매계약서 본문에 필지별 금액과 그 산정 근거를 명시하고 관련 자료를 보관해 두는 것이 바람직합니다.
신고·납부기한
- 예정신고·납부: 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내
- 확정신고·납부: 양도일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 (같은 해 여러 건을 양도한 경우 등 해당 시)
- 경정청구: 법정신고기한이 지난 후 5년 이내
4. 주요 세무 리스크
재안분에 따른 추가 세액과 가산세
필지별 양도가액이 법정 방법으로 다시 계산되어 세액이 늘어나면 아래 가산세가 함께 부과될 수 있습니다.
- 일반 과소신고가산세: 과소신고한 납부세액 등의 10%
- 납부지연가산세: 미납세액 × 경과일수 × 10만분의 22 (연 약 8.03%)
부정행위가 인정되는 경우
이중계약서 작성 등 사기나 그 밖의 부정한 행위로 필지별 금액을 사실과 다르게 꾸민 것으로 인정되면, 과소신고가산세가 40%로 무거워집니다.
※ 단순히 30% 기준을 벗어났다는 이유만으로 40%가 적용되는 것은 아니며, 부정행위에 해당하는 사실이 있어야 합니다.
5. 자가 점검 방법
필지별 개별공시지가는 국토교통부 부동산공시가격 알리미에서 조회할 수 있습니다.
- 부동산공시가격 알리미(www.realtyprice.kr) → [개별공시지가]
- 소재지 입력 → 해당 연도 ㎡당 공시지가 확인
- ㎡당 공시지가 × 면적으로 필지별 기준시가 계산
- 1번 항목의 산식으로 안분한 금액과 신고 예정 금액 비교
※ 신고 예정 금액이 신고필증에 적힌 필지별 금액을 그대로 옮긴 것이라면, 계약서에 같은 필지별 금액과 근거가 있는지 먼저 확인합니다. 없다면 위 산식으로 다시 안분해야 합니다.
6. 관련 법령
- 소득세법 제96조 (양도가액)
- 소득세법 제99조 (기준시가의 산정)
- 소득세법 제100조 제2항·제3항 (양도차익의 산정)
- 소득세법 시행령 제166조 제6항 (양도차익의 산정 등)
- 부가가치세법 시행령 제64조 (토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산)
- 소득세법 제105조, 제110조 (양도소득과세표준 예정신고, 양도소득과세표준 확정신고)
- 국세기본법 제14조 (실질과세)
- 국세기본법 제47조의3, 제47조의4 (과소신고·초과환급신고 가산세, 납부지연가산세)
작성 기준
작성 기준일: 2026년 9월
- 소득세법 제100조 제2항·제3항, 같은 법 시행령 제166조 제6항(부가가치세법 시행령 제64조 준용) 현행 규정 기준
본 안내문은 2026년 9월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.