협동조합·비영리법인의 공익법인 지정 가능 여부와 세제 혜택·사후관리 안내

핵심 요약

일반협동조합은 공익법인(구 지정기부금단체)으로 지정받을 수 없습니다. 법인세법 시행령이 정한 지정 대상(민법상 비영리법인, 사회적협동조합, 공공기관 등)에 포함되지 않고, 조합원에게 잉여금을 배당할 수 있는 구조이기 때문입니다.

민법상 비영리법인과 사회적협동조합은 정관 요건 등을 갖추어 국세청장의 추천을 받으면 재정경제부장관의 지정을 받을 수 있습니다. 특히 사회적협동조합은 정관상 협동조합 기본법 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 하나를 수행해야 합니다.

지정을 받으면 기부자는 법인세 손금산입(한도 내) 또는 소득세 세액공제를 받고, 공익법인이 출연받은 재산은 증여세 과세가액에 산입되지 않습니다. 대신 기부금 모금액·활용실적 공개(사업연도 종료일부터 4개월 이내), 결산서류 공시, 전용계좌 사용, 출연재산의 3년 내 공익목적 사용 등 의무를 지켜야 하며, 위반 시 지정 취소, 증여세 추징, 가산세 부과의 불이익이 따릅니다.

1. 법인 유형별 공익법인 지정 가능 여부

일반협동조합 — 지정 불가

협동조합 기본법 제4조 제1항은 협동조합을 ’법인’으로 규정할 뿐이며, 조합원에게 이용실적·출자금에 따른 잉여금 배당이 가능합니다. 이 때문에 세법상 비영리법인에 해당하지 않아 영리법인과 같이 과세됩니다.

법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목의 공익법인 지정 대상에 일반협동조합은 열거되어 있지 않으므로 지정 신청 자체가 불가능합니다. 해산 시 잔여재산도 정관에 따라 처리되며 조합원에게 분배될 수 있습니다.

사회적협동조합 — 지정 가능

협동조합 기본법 제4조 제2항에 따라 비영리법인이며, 같은 법 제98조에 따라 조합원에 대한 잉여금 배당이 금지됩니다. 해산 시 잔여재산은 비영리법인·국고 등에 귀속되고 조합원에게 분배되지 않습니다. 공익법인 지정을 받으려면 정관상 다음 사업 중 하나를 수행해야 합니다.

지역사회 재생·지역 문제 해결 등에 기여하는 사업 (제93조 제1항 제1호)
취약계층에게 사회서비스를 제공하는 사업 (같은 항 제2호)
취약계층에게 일자리를 제공하는 사업 (같은 항 제3호)

※ 정관에 위 제1호~제3호 외의 사업만 규정한 경우, 사회적협동조합으로 인가를 받았더라도 공익법인 지정 요건을 충족하지 못합니다.

민법상 비영리법인 — 지정 가능

민법 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인은 정관상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고, 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수여야 합니다.

공통 지정 요건

법인 유형별 요건 외에 다음 요건을 모두 갖추어야 합니다.

해산 시 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속시킨다는 내용이 정관에 포함될 것
인터넷 홈페이지를 개설하고, 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함될 것
국민권익위원회·국세청·주무관청 등 공익위반사항 제보 기관 중 1곳 이상의 홈페이지가 법인 홈페이지와 연결되어 있을 것
지정·고시일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 법인 또는 대표자 명의로 특정 정당·특정인에 대한 선거운동을 한 사실이 없을 것
지정이 취소된 경우 취소일부터 3년, 재지정 추천을 받지 못한 경우 지정기간 종료일부터 3년이 지났을 것

※ 정관·홈페이지 요건 미충족만을 사유로 취소·미추천된 경우는 제외

지정 절차와 지정기간

법인 신청 → 국세청장(주사무소 관할 세무서장 포함) 추천 → 재정경제부장관 지정·고시 순으로 진행됩니다.

신규 지정 : 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간
재지정 : 지정기간 종료 후 2년 이내 재지정 시 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간

2. 공익법인 지정 시 주요 세제 혜택

기부자가 법인인 경우 — 일반기부금 손금산입

공익법인에 지출한 기부금은 일반기부금으로 법인세법 제24조에 따른 한도 내에서 손금에 산입됩니다.

손금산입 한도 : 기준소득금액에서 이월결손금과 특례기부금 손금산입액을 뺀 금액의 10% (기부하는 법인의 유형에 따라 별도 한도 있음)
한도초과액 : 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내 이월 손금산입

※ 기부금 전액이 당해 연도에 손금으로 인정되는 것이 아닙니다.

예) 이월결손금·특례기부금 차감 후 기준소득금액이 5억원인 법인이 1억원을 기부한 경우 → 당해 연도 손금산입 5,000만원, 나머지 5,000만원은 이월

기부자가 개인인 경우 — 기부금 세액공제

소득세법 제59조의4 제4항에 따라 기부금의 15%(1천만원 초과분은 30%)를 기본 공제율로 하여 종합소득산출세액에서 공제하며, 소득금액 기준 한도가 적용됩니다. 한도초과분은 10년간 이월공제됩니다.

※ 사업소득 필요경비에 산입한 기부금은 세액공제와 중복 적용할 수 없습니다.

※ 귀속연도별로 한시적인 공제율 상향 특례가 있었으므로, 실제 적용 공제율은 해당 연도 연말정산·종합소득세 안내를 확인하시기 바랍니다.

출연재산에 대한 상속세·증여세 과세가액 불산입

공익법인이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 않습니다(상속세 및 증여세법 제48조 제1항). 상속재산을 공익법인에 출연하는 경우에도 상속세 과세가액에 산입하지 않습니다(같은 법 제16조).

※ 이는 ’비과세’가 아니라 ’과세가액 불산입’입니다. 3년 내 공익목적 사용 등 사후관리 요건을 위반하면 공익법인에 증여세가 부과됩니다.

※ 상속재산 출연은 상속세 과세표준 신고기한(상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월, 피상속인 또는 상속인이 외국에 주소를 둔 경우 9개월) 이내에 이루어져야 합니다.

※ 내국법인 주식을 출연하는 경우 발행주식총수의 일정 비율(원칙 5%, 요건 충족 시 10% 또는 20%)을 초과하는 부분은 과세가액에 산입될 수 있습니다.

3. 실무 유의사항

고유목적사업준비금은 공익법인 ’지정’과 무관

고유목적사업준비금(법인세법 제29조)은 공익법인 지정 여부와 관계없이 비영리내국법인이면 적용할 수 있는 제도입니다. 손금산입 한도도 ’100%’가 원칙이 아닙니다.

이자·배당 등 금융소득 : 100%
그 밖의 수익사업 소득 : 50% (일부 법인은 80% 또는 100% 특례)

수익용 재산 취득과 ‘3년 내 사용’ 판단

출연받은 재산으로 수익용·수익사업용 재산을 취득하여 운용하는 것도 직접 공익목적사업 등에 사용한 것으로 봅니다. 다만 그 운용소득은 별도로 일정 기간 내 일정 비율 이상을 직접 공익목적사업에 사용해야 하며, 미달 시 가산세 등 불이익이 있습니다.

※ 정관상 수익용 기본재산으로 등재하거나 사용계획을 세운 것만으로는 ’사용’으로 인정되지 않습니다.

사회적협동조합의 주 사업 비중

사회적협동조합은 제93조 제1항의 주 사업을 전체 사업의 40% 이상 수행해야 합니다. 공익법인 지정 신청 전 정관의 사업 목적 조항과 실제 사업 비중을 함께 점검하시기 바랍니다.

4. 지정 후 주요 의무사항 (사후관리)

기부금 모금액 및 활용실적 공개

매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내(12월 결산법인은 4월 30일까지) 법인 홈페이지와 국세청 홈페이지에 모두 공개해야 합니다.

※ 상속세 및 증여세법에 따른 결산서류 공시 시 기부금 모집·지출 내용을 표준서식으로 공시하면 공개한 것으로 봅니다.

결산서류 등 공시

사업연도 종료일부터 4개월 이내에 재무제표, 기부금 모집·지출 내용, 대표자·이사·출연자 등에 관한 사항을 국세청 홈페이지에 공시해야 합니다(상속세 및 증여세법 제50조의3). 소규모 법인은 간편서식으로 공시할 수 있습니다.

고유목적사업 지출 요건

수익사업 지출을 제외한 지출액의 80% 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것
사업연도 종료일 기준 최근 2년 동안 고유목적사업 지출내역이 있을 것

의무이행 여부 보고서 제출의무 폐지

법인세법 시행령 개정(2026. 2. 27.)으로 의무이행 여부 보고서 제출의무가 폐지되었습니다. 시행일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용되므로, 12월 결산법인은 2026 사업연도분(2027. 4. 30. 기한)까지는 종전대로 제출합니다. 국세청의 의무이행 여부 점검은 유지됩니다.

전용계좌 개설·사용

직접 공익목적사업과 관련한 수입·지출은 관할 세무서에 신고한 전용계좌를 사용해야 합니다(상속세 및 증여세법 제50조의2).

외부전문가 세무확인 및 외부회계감사

외부전문가 세무확인 : 총자산 5억원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계 3억원 이상인 법인
외부회계감사 : 총자산가액 100억원 이상, 수입금액과 출연재산가액 합계 50억원 이상, 또는 출연재산가액 20억원 이상인 법인 (종교·학교법인 등 제외)

출연재산 3년 내 공익목적 사용

출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하고, 3년 이후에도 계속 사용해야 합니다(상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호). 법령상·행정상 부득이한 사유로 주무부장관이 인정한 경우는 예외입니다.

5. 주요 세무 리스크

공익법인 지정 취소

다음 사유가 있으면 국세청장이 지정 취소를 요청하고 재정경제부장관이 취소할 수 있습니다.

일정 금액 이상의 상속세·증여세(가산세 포함)를 추징당한 경우
목적 외 사업, 설립허가 조건 위반 등 공익목적을 위반한 경우
정관 요건, 기부금 공개, 80% 지출 등 법정 의무를 위반한 경우
불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우
임직원 등이 기부금품법 위반으로 형이 확정된 경우
법인이 해산한 경우

※ 취소된 날부터 3년간 재지정을 받을 수 없습니다.

※ 지정기간 종료 후 위 사유가 발견되면 종료일부터 3년간 추천이 제한되고, 이미 재지정된 경우 그 지정이 취소될 수 있습니다.

증여세 추징

출연재산을 공익목적 외에 사용하거나 3년 이내에 공익목적사업 등에 사용하지 않는 경우, 공익법인에 증여세가 부과됩니다. 또한 이는 지정 취소 사유로도 이어질 수 있습니다.

협력의무 위반 가산세

전용계좌 미사용 : 미사용 금액의 0.5%
결산서류 등 미공시 : 공시 대상 사업연도 자산총액의 0.5%
운용소득 미달 사용 등 : 별도 가산세 부과

6. 자가 점검 방법

공익법인 관련 공시·신고는 홈택스에서 확인·처리할 수 있습니다. (메뉴 명칭은 홈택스 개편에 따라 달라질 수 있습니다.)

홈택스 로그인 → [세금종류별 서비스] → [공익법인 공시] → 결산서류 등 공시 / 기부금 모금액 및 활용실적 공개 이행 여부 확인
홈택스 로그인 → [신고납부] → [일반신고] → [공익법인 전용계좌개설] → 전용계좌 신고 여부 확인

점검 체크리스트

정관에 잔여재산 귀속 조항과 기부금 공개 조항이 모두 있는가
홈페이지에 공익위반사항 제보 기관 링크가 연결되어 있는가
지정기간 만료일과 재지정 신청 시점을 관리하고 있는가
출연재산별 3년 내 사용 계획과 실적을 기록하고 있는가

7. 관련 법령

법인세법 제24조 (기부금의 손금불산입)
법인세법 시행령 제39조 (공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등)
소득세법 제59조의4 (특별세액공제)
상속세 및 증여세법 제16조 (공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입)
상속세 및 증여세법 제48조 (공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)
상속세 및 증여세법 제50조 (공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무)
상속세 및 증여세법 제50조의2 (공익법인등의 전용계좌 개설ㆍ사용 의무)
상속세 및 증여세법 제50조의3 (공익법인등의 결산서류등의 공시의무)
상속세 및 증여세법 제78조 (가산세 등)
협동조합 기본법 제4조 (법인격과 주소)
협동조합 기본법 제98조 (손실금의 보전과 잉여금의 배당)
민법 제80조 (잔여재산의 귀속)

작성 기준

작성 기준일: 2026년 10월

1. 1. 1. 정부조직 개편(기획재정부 → 재정경제부)에 따라 공익법인 지정·고시 권한은 재정경제부장관이 행사합니다.
공익법인 지정기간 : 신규 지정 3년, 지정기간 종료 후 2년 이내 재지정 시 6년 (법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 단서)

본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.