[케이스 사례] 마이너스(-) 계산서를 기한 후 발급받은 경우, 매입자 가산세는?

핵심 요약

면세 재화·용역을 공급받고 받은 계산서가 감액 등의 사유로 음(-)으로 기한 후에 발급된 경우, 이를 받은 매입자에게는 가산세가 없습니다. 계산서에는 세금계산서와 달리 매입자에 대한 ‘지연수취 가산세’ 제도 자체가 없기 때문입니다.

다만 그 매입분으로 의제매입세액공제를 받았다면, 감액분만큼 공제액도 같은 신고기간에 줄여야 합니다. 이를 누락하면 과소신고·납부지연 가산세가 생길 수 있습니다.

계산서를 늦게 발급한 공급자에게는 지연발급 가산세(1%) 쟁점이 남습니다.

상황

과세사업자가 부가가치세 예정신고를 위해 매입처별 계산서합계표를 조회해 보니, 거래처가 기한 후에 발급한 음(-)의 전자계산서가 ‘전자’ 란이 아니라 ‘전자 외’ 란에 마이너스로 표시되어 있습니다.

질문

매입세금계산서와 같은 상황인데, 계산서인 경우 매입자에게 가산세가 부과되는지요?

지연수취 가산세 — 제도 없음

계산서를 지연발급한 경우 공급자에게는 지연발급 가산세(공급가액의 1%)가 적용되지만, 공급받는 자에게는 지연수취 가산세가 적용되지 않습니다. (국세청 국세상담센터 답변 기준)

※ 세금계산서는 매입세액을 공제받는 경우 매입자에게 0.5%의 지연수취 가산세가 있으나, 계산서에는 이에 해당하는 규정이 없습니다.

매입처별 계산서합계표 관련 가산세 — 정확히 반영하면 해당 없음

계산서합계표를 제출하지 않거나 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 공급가액의 0.5%가 부과됩니다. 감액분을 사실대로 반영해 제출했다면 해당하지 않습니다.

※ 기한 내 국세청에 전송된 전자계산서를 받은 경우에는 계산서합계표 제출의무 자체가 면제됩니다.

증명서류 수취 불성실 가산세 — 해당 없음

계산서를 실제로 받았고, 감액분은 비용을 줄이는 방향이므로 적용되지 않습니다.

의제매입세액공제를 받은 매입분인지

면세 농·축·수·임산물을 원재료로 과세 재화·용역을 공급하는 사업자가 해당 매입분으로 의제매입세액공제를 받았다면, 감액분만큼 공제 대상 매입가액도 줄어듭니다.

감액 사유가 발생한 신고기간의 의제매입세액 공제신고서에 반영하지 않으면 공제가 과다해져 과소신고(초과환급신고) 가산세와 납부지연 가산세가 생길 수 있습니다.

장부(원가·비용) 반영

감액분을 법인세·소득세 장부에서 원가 또는 비용 감소로 반영해야 합니다. 누락하면 비용이 과다계상됩니다.

금액이 큰 감액 거래의 증빙

계약해제나 대금 감액이 큰 금액으로 이루어진 경우, 해제합의서·환불 내역 등 실물거래를 입증할 자료를 함께 보관해 두시기 바랍니다.

과세기간 종료일 다음 달 11일(토요일·공휴일이면 그 다음 날)까지 국세청에 전송된 전자계산서는 ‘전자’ 란에 합계금액만 적고, 그 이후에 전송되었거나 종이로 받은 계산서는 ‘전자 외’ 란에 매입처별 명세와 함께 적습니다.

따라서 기한 후 발급·전송된 음(-)의 계산서가 ’전자 외’에 마이너스로 표시되는 것은 정상이며, 그 자체로 가산세 사유는 아닙니다.

지연발급 가산세 1%

발급시기가 지난 후 아래 기한까지 계산서를 발급하면 지연발급으로 공급가액의 1%가 적용됩니다.

※ 이 기한까지도 발급하지 않으면 미발급으로 공급가액의 2%

음(-)의 계산서에 대한 적용

감액분을 기한 후에 발급한 경우의 적용 여부는 명시적 해석이 확인되지 않으므로, 감액 사유가 생기면 즉시 기한 내에 발급하는 것이 가장 안전합니다.

홈택스에서 해당 음(-)의 전자계산서를 조회하여 아래 항목을 확인합니다.

작성 기준일: 2026년 10월

계산서 관련 가산세는 법인세법·소득세법(계산서 등 제출 불성실 가산세)을, 부가가치세 신고 관련 부분은 2026. 1. 2. 시행 부가가치세법을 기준으로 확인하였습니다.

본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.