[케이스 사례] 전자세금계산서 의무발급자가 종이세금계산서를 발급했다면

핵심 요약

전자세금계산서 의무발급자가 발급시기에 종이(수기) 세금계산서를 발급하면, 공급자에게 공급가액의 1% 가산세가 부과됩니다.

매입자는 그 종이세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급받았고 거래사실이 확인되면 매입세액을 전액 공제받을 수 있습니다. 발급시기에 맞춰 받았다면 매입자에게 부과되는 가산세는 없습니다.

다만 발급시기가 지난 뒤에 받았다면 매입자도 공급가액의 0.5% 가산세를 부담하며, 확정신고기한을 넘기면 원칙적으로 공제받지 못합니다.

1. 누가, 어떤 불이익을 받는가

전자세금계산서 의무발급자

• 법인사업자: 전부
• 개인사업자: 직전 연도 사업장별 공급가액 합계가 8천만원 이상인 사업자 (다음 해 7월 1일부터 의무 발생)

공급자 - 종이로 발급한 쪽

발급시기에 종이세금계산서를 발급한 경우 공급가액의 1% 가산세.

※ 세금계산서를 아예 발급하지 않은 경우(2%)와는 구분됩니다.

※ 이 1% 가산세가 적용되는 부분에는 매출처별 세금계산서합계표 가산세를 중복하여 적용하지 않습니다.

매입자 - 종이로 받은 쪽

아래 두 요건을 모두 갖추면 매입세액을 공제받습니다.

• 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급받았을 것
• 거래사실이 확인될 것

수취 시점에 따른 결과는 다음과 같습니다.

• 발급시기에 수취: 공제 가능, 가산세 없음
• 발급시기 경과 후 확정신고기한까지 수취: 공제 가능, 가산세 0.5%
• 확정신고기한 경과 후 수취: 원칙적으로 공제 불가

※ 확정신고기한이 지난 후라도 그 다음 날부터 1년 이내에 발급받고, 수정신고·경정청구를 세금계산서와 함께 제출하거나 거래사실이 확인되어 관할 세무서장이 결정·경정하는 경우에는 공제받을 수 있습니다. 이때에도 0.5% 가산세는 부담합니다.

2. 사례로 보는 계산

사례 1 - 공급자: 폐업 후 기한후신고

A업체는 전자세금계산서 의무발급 사업자입니다. 2026년 7월 초 B업체에 물품을 공급하고 발급시기에 종이세금계산서를 발급한 뒤, 2026년 7월 15일 폐업하였습니다. 부가가치세 신고를 놓쳐 2026년 9월 18일에 기한후신고와 납부를 함께 하였습니다.

• 과세기간: 2026.7.1. ~ 2026.7.15.
• 법정 신고기한: 2026.8.25.(화)
• 법정 납부기한: 2026.8.25.(화) (폐업일이 속한 달의 다음 달 25일)
• 기한후신고·납부일: 2026.9.18.(금)

본세 계산

• 매출세액 (공급가액 10,000,000원): 1,000,000원
• 매입세액: 640,000원
• 납부할 세액: 360,000원

가산세 계산

• 종이세금계산서 발급 가산세 (10,000,000원 × 1%): 100,000원
• 무신고가산세 (360,000원 × 20% × (1 - 50%)): 36,000원 — 법정신고기한 경과 후 1개월 이내 기한후신고로 50% 감면
• 납부지연가산세 (360,000원 × 23일 × 22/100,000): 1,821원 — 2026.8.26.부터 납부일 전날인 2026.9.17.까지 23일
• 가산세 합계: 137,821원

총 납부세액 (본세 + 가산세): 497,821원

※ 감면은 무신고가산세에만 적용됩니다. 종이세금계산서 발급 가산세와 납부지연가산세는 감면되지 않습니다.

※ 기한후신고가 늦어질수록 무신고가산세 감면율이 줄어듭니다. 1개월 이내 50%, 1개월 초과 3개월 이내 30%, 3개월 초과 6개월 이내 20%입니다.

※ 종이 발급 가산세 1%가 적용되는 공급가액에는 매출처별 세금계산서합계표 미제출 가산세(0.5%)를 중복하여 적용하지 않습니다.

※ 종이로 발급한 대가인 100,000원이 전체 가산세의 대부분을 차지합니다. 전자로 발급했다면 내지 않았을 금액입니다.

사례 2 - 매입자: 발급시기에 종이세금계산서를 받은 경우

개인 일반과세자 B업체는 위 거래에서 A업체로부터 공급시기에 종이세금계산서(공급가액 10,000,000원, 세액 1,000,000원)를 받았고, 대금은 계좌이체로 지급하였습니다.

• 매입세액 공제: 1,000,000원 전액
• B업체의 가산세: 없음
• 신고기한: 2027.1.25.(월) 2026년 제2기 확정신고
• 납부기한: 2027.1.25.(월)

신고할 때 매입처별 세금계산서합계표의 “전자세금계산서 외의 발급분” 란에 A업체의 사업자등록번호, 공급가액, 세액을 직접 기재합니다.

사례 3 - 매입자: 발급시기가 지난 뒤에 받은 경우

사례 2에서 B업체가 종이세금계산서를 발급시기가 지난 2026년 11월에 받았다면 결과가 달라집니다.

• 매입세액 공제: 1,000,000원 공제 가능 (확정신고기한 2027.1.25. 이전 수취)
• B업체의 가산세: 10,000,000원 × 0.5% = 50,000원

2027년 1월 25일을 넘겨 받았다면 원칙적으로 공제받지 못하므로, 세금계산서는 거래 시점에 바로 받아 두는 것이 안전합니다.

3. 실무 유의사항

종이세금계산서는 자동으로 조회되지 않습니다

전자세금계산서와 달리 홈택스에서 불러올 수 없어 직접 입력해야 합니다. 사업자등록번호나 공급가액을 잘못 적거나 빠뜨리기 쉬우므로 원본과 대조하여 확인하시기 바랍니다.

합계표를 빠뜨리거나 과다하게 적은 경우

매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않았거나 부실하게 기재하여 이후 경정 과정에서 세금계산서로 공제받는 경우, 또는 공급가액을 실제보다 과다하게 적은 경우에는 해당 공급가액의 0.5% 가산세가 부과됩니다.

※ 기재사항이 착오로 적혔으나 수취한 세금계산서로 거래사실이 확인되는 부분은 제외됩니다.

소명 요청에 대비한 증빙 보관

공급자가 의무발급자인데 종이분으로 매입을 신고하면 과세관청이 거래사실 확인을 요청할 수 있습니다. 세금계산서 원본과 함께 계약서, 거래명세서, 계좌이체 내역을 보관해 두시기 바랍니다.

공급자가 폐업한 경우

폐업한 사업자의 부가가치세 신고·납부기한은 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일입니다. 정기 신고월까지 기다리면 무신고가산세와 납부지연가산세가 함께 발생합니다.

4. 자가 점검 방법

세금계산서를 발급하는 사업자

• 법인이거나 직전 연도 공급가액이 8천만원 이상인 개인사업자인지 확인합니다. (세무서의 의무발급 통지 여부 확인)
• 해당한다면 종이 양식을 쓰지 말고 전자로 발급합니다.

종이세금계산서를 받은 사업자

• 작성일자가 실제 공급시기와 일치하는가
• 공급자 등록번호, 공급받는 자 등록번호, 공급가액과 세액, 작성 연월일이 모두 적혀 있는가
• 대금 지급 내역이 금융거래로 남아 있는가
• 합계표의 “전자세금계산서 외의 발급분” 란에 기재하였는가

작성 기준

작성 기준일: 2026년 10월

• 납부지연가산세 계산기간 개정(2026년 7월 1일 시행 국세기본법)을 반영하였습니다. 자진납부 시 “법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지”로 계산합니다.
• 전자세금계산서 의무발급 개인사업자 기준: 직전 연도 사업장별 공급가액 합계 8천만원 이상

본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.