사회적협동조합 세무 실무 안내 (법적 성격·설립인가·법정적립금·공익법인 지정·세무대리 유의사항)

핵심 요약

사회적협동조합은 「협동조합 기본법」상 기획예산처장관의 설립인가(실제 처리는 주 사업 소관 중앙행정기관의 장에게 위탁)를 받아 설립되는 비영리법인으로, 조합원에 대한 잉여금 배당이 금지되고 잉여금의 100분의 30 이상을 법정적립금으로 적립해야 합니다.

실제 인가는 돌봄·의료는 보건복지부, 학교협동조합은 교육부, 도시재생 마을관리는 국토교통부처럼 주 사업 소관 부처가 처리하며, 인가 신청 후 60일 이내에 인가 여부가 통지되고 인가일부터 60일 이내에 설립등기를 하지 않으면 인가가 취소될 수 있습니다.

세법상 비영리내국법인이므로 수익사업에서 생긴 소득에 대해서만 법인세가 과세되며, 이를 위해 수익사업과 비수익사업의 구분경리가 필수입니다.

요건을 갖추어 공익법인으로 지정받으면 기부금 영수증을 발급할 수 있으나, 지정 후에는 사업연도 종료일부터 4개월 이내 공개·공시, 전용계좌 사용, 고유목적사업 지출 등 사후관리 의무를 지며 위반 시 지정취소와 가산세가 따릅니다.

일반협동조합(세법상 영리법인)과 혼동하여 비영리법인 규정을 적용하는 것이 가장 흔하고 위험한 오류입니다.

1. 법적 성격: 일반협동조합과 사회적협동조합

법인격과 설립

일반협동조합: 법인. 시·도지사에게 설립 신고
사회적협동조합: 비영리법인. 기획예산처장관의 설립 인가(주 사업 소관 부처에 위탁)

※ 두 유형 모두 5인 이상의 조합원 자격자가 발기인이 되며, 출자좌수와 관계없이 조합원 1인 1표의 의결권을 가집니다.

사회적협동조합의 주 사업

다음 사업 중 하나 이상을 주 사업으로 하여야 하며, 주 사업은 협동조합 전체 사업량의 100분의 40 이상이어야 합니다.

지역사회 재생, 지역경제 활성화, 지역 주민 권익·복리 증진 등 지역사회 문제 해결에 기여하는 사업
취약계층에게 복지·의료·환경 등 분야의 사회서비스 또는 일자리를 제공하는 사업
국가·지방자치단체로부터 위탁받은 사업
그 밖에 공익증진에 이바지하는 사업

배당

일반협동조합: 법정적립금을 적립한 후 배당할 수 있습니다. 이용실적에 따른 배당은 전체 배당액의 100분의 50 이상, 납입출자액에 대한 배당은 납입출자금의 100분의 10 이하여야 합니다.
사회적협동조합: 조합원에게 배당할 수 없습니다.

※ 법정적립금에 관한 자세한 내용은 4장에서 설명합니다.

해산 시 잔여재산

일반협동조합: 정관으로 정하는 바에 따라 처분(조합원 분배 가능)
사회적협동조합: 부채와 출자금을 변제한 후 정관으로 정하는 바에 따라 상급 사회적협동조합연합회, 유사한 목적의 사회적협동조합, 비영리법인·공익법인, 국고 중 어느 하나에 귀속

조합원 탈퇴 시 환급

일반협동조합: 지분환급청구권 (회계연도 말 자산·부채에 따라 정해지는 지분을 환급)
사회적협동조합: 출자금환급청구권

경영공시

사회적협동조합: 규모와 관계없이 모두 공시 대상
일반협동조합: 조합원 수 200인 이상이거나 직전 사업연도 결산보고서상 자기자본이 30억원 이상인 경우
공시 기한: 매 회계연도 결산일부터 4개월 이내 (12월 결산 시 4월 30일)

※ 사회적협동조합이 운영 공개를 게을리한 경우 임직원 또는 청산인에게 100만원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다.

명칭 사용 제한

사회적협동조합은 명칭에 ’사회적협동조합’이라는 문자를 반드시 사용해야 합니다. 위치는 앞·뒤 모두 가능하나(예: 사회적협동조합OO, OO사회적협동조합), ’사회적OO협동조합’처럼 문자 사이에 다른 글자를 넣는 형태는 사용할 수 없습니다.
「협동조합 기본법」에 따라 설립된 사회적협동조합이 아니면 ‘사회적협동조합’ 또는 이와 유사한 문자를 명칭에 사용할 수 없습니다. 설립인가 전에 간판·계약서·홍보물에 사용하는 것도 주의해야 합니다.
같은 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 또는 시·군에서 다른 협동조합이나 사회적협동조합이 이미 등기한 명칭은 사용할 수 없습니다.
고용노동부장관의 인증을 받은 사회적기업이 아니면 ‘사회적기업’ 또는 이와 유사한 명칭을 사용할 수 없습니다(「사회적기업 육성법」).

※ ’사회적’이라는 단어만 쓰는 것은 제한되지 않습니다. 다만 일반인이 사회적협동조합이나 인증 사회적기업으로 오인할 수 있는 조합 (예: ’사회적 기업’처럼 띄어 쓰는 경우)은 유사 명칭으로 문제될 수 있습니다.

2. 설립인가와 소관 부처

인가권자

법률상 인가권자 : 기획예산처장관 (법 제85조제1항)
실제 처리 기관 : 주 사업 소관 중앙행정기관의 장 (법 제116조제2항, 시행령 제32조제1항)

※ 위탁되는 권한 : 설립인가, 정관변경 인가, 합병·분할 인가, 해산신고, 청산 감독, 조직변경 인가, 감독, 설립인가 취소, 청문, 과태료 부과 등

※ 여기서 ’중앙행정기관’은 부·처뿐 아니라 청(예: 산림청)과 정부조직법 제2조제2항의 행정기관을 포함합니다.

소관 부처가 분명하지 않은 경우

주 사업이 둘 이상이거나 소관 부처가 분명하지 않으면, 조합이 수행하는 구체적인 사업 내용과 성격 등을 고려하여 기획예산처장관이 소관 부처를 정하여 위탁합니다. (법 제116조제2항 후단)

처리 기한

인가 신청을 받은 날부터 60일 이내에 인가 여부를 통지해야 합니다. (법 제85조제4항)

※ 기간 내에 인가 여부나 처리기간 연장을 통지하지 않으면, 그 기간이 끝난 날의 다음 날에 인가한 것으로 봅니다. (같은 조 제5항)

신청 내용 확인 업무

설립인가 신청 내용의 확인 및 보완 요구는 한국사회적기업진흥원이 위탁받아 수행합니다. (시행령 제32조제2항제7호)

설립인가 기준

주 사업의 종류와 100분의 40 이상 비율 요건은 1장에서 설명한 것과 같습니다. (법 제93조) 주 사업의 구체적 판단기준은 시행령 제21조와 총리령으로 정합니다.

설립동의자 5인 이상
생산자·소비자·직원·자원봉사자·후원자 등 둘 이상 유형의 이해관계인을 포함하여 구성

(시행령 제19조제1항)

의료기관을 개설하는 경우의 강화 기준

보건·의료 서비스 제공을 위해 의료기관을 개설·운영하려는 사회적협동조합은 다음 기준을 모두 충족해야 합니다. (시행령 제19조제2항)

설립동의자 수 : 의료기관 1개소당 500인 이상 (인구 10만명 이하 시 또는 군은 300인 이상)
1인당 최저 출자금 : 5만원 이상
1인당 최고 출자금 : 출자금 납입총액의 10% 이내
출자금 납입총액 : 1억원 이상 (인구 10만명 이하 시 또는 군은 5천만원 이상)

주 사업 분야별 소관 부처와 설립 사례

※ 아래 사례는 언론 보도 등 공개자료로 해당 부처의 인가 사실이 확인된 조합만 수록하였습니다.

보건복지부 — 의료·돌봄·사회복지 서비스

도우누리 사회적협동조합 : 산모신생아·장기요양·노인돌봄·장애인활동지원 등 돌봄서비스 제공. 보건복지부 인가 제1호 사회적협동조합
살림의료복지사회적협동조합 : 서울 은평구 기반, 의원·치과·한의원·재택의료·데이케어센터 운영
상주의료복지사회적협동조합 : 2024년 보건복지부 인가 후 2025년 의원 개원

교육부 — 학교협동조합(학교매점·학생복지·교육)

복정고 교육경제공동체 사회적협동조합 (경기 성남) : 2013년 교육부 인가, 전국 1호 학교협동조합. 친환경 학교매점 운영
경명여고에듀레 사회적협동조합 (대구) : 2020년 12월 교육부 인가

국토교통부 — 도시재생 마을관리

만부마을 마을관리협동조합 (인천 남동구) : 도시재생 뉴딜사업지 첫 마을관리협동조합으로 국토교통부 인가
원미마을관리사회적협동조합 (경기 부천) : 2022년 2월 설립인가, 도시재생 거점시설 운영
창녕교하마을관리 사회적협동조합 (경남 창녕) : 2023년 10월 국토교통부 설립인가

※ 마을관리 사회적협동조합은 도시재생사업으로 조성된 거점시설을 주민이 직접 유지·관리하는 조직입니다.

그 밖의 부처

농림축산식품부(농촌·사회적 농업), 고용노동부(취약계층 일자리), 문화체육관광부(문화예술), 기후에너지환경부(환경·자원순환), 산림청(산림복지) 등도 주 사업의 성격에 따라 소관 부처가 될 수 있습니다.

인가 실무 유의사항

인가권자는 기획예산처, 실제 창구는 소관 부처 : 흔히 “사회적협동조합은 관계 부처 장관의 인가를 받는다”고 설명하지만, 법률상 인가권자는 기획예산처장관이고 소관 부처는 이를 위탁받아 처리하는 구조입니다. 제도 개편 시 담당 기관이 바뀔 수 있으므로 신청 전 담당 부서를 반드시 확인하시기 바랍니다.
소관 부처는 ’주 사업’이 결정 : 여러 사업을 하더라도 소관 부처는 주 사업을 기준으로 정해지며, 분명하지 않으면 기획예산처장관이 정합니다. 사업계획서에 주 사업 비중(100분의 40 이상)의 산정 근거를 명확히 적어 두는 것이 인가 과정의 보완 요구를 줄이는 방법입니다.
목적사업 변경은 정관변경 인가 대상 : 사회적협동조합의 정관변경은 인가를 받아야 효력이 발생합니다. (법 제86조제3항) 인가 신청을 받은 날부터 10일 이내에 인가 여부가 통지됩니다. (같은 조 제4항)

설립등기 기한 — 인가일부터 60일 이내

설립인가를 받은 날부터 60일 이내에 주된 사무소 소재지에서 설립등기를 해야 합니다. (법 제106조제1항) 기한까지 등기하지 않으면 설립인가 취소 사유가 됩니다. (법 제112조제1항제5호)

※ 인가가 필요한 등기 사항의 등기 기간은 인가 문서가 도달한 날부터 계산합니다. (법 제109조)

설립인가 취소 사유

다음 중 하나에 해당하면 설립인가가 취소될 수 있습니다. (법 제112조제1항)

정당한 사유 없이 인가일부터 1년 이내에 주 사업을 개시하지 않거나 1년 이상 계속하여 사업을 실시하지 않은 경우
감독기관의 시정 처분을 2회 이상 받고도 시정하지 않은 경우
대통령령으로 정한 설립인가 기준에 미달하게 된 경우
거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 설립인가를 받은 경우 (이 경우는 반드시 취소)
설립등기 기한(인가일부터 60일)까지 등기하지 않은 경우

※ 인가를 취소하려면 청문을 거쳐야 하며(법 제113조), 인가가 취소되면 해산 사유가 됩니다. (법 제102조제1항제4호)

활동 부진 조합에 대한 시정명령

다음에 해당하여 실제 활동하지 않는다고 인정되면 기한을 정한 시정명령 대상이 됩니다. (법 제111조제3항)

조합원 수가 5인 미만으로 1년 이상 경과한 경우
총회를 2년 이상 연속하여 개최하지 않은 경우
사회적협동조합의 사업을 1년 이상 계속하여 수행하지 않은 경우

3. 세법상 지위와 과세 체계

법인세

일반협동조합: 영리내국법인. 각 사업연도의 모든 소득에 과세
사회적협동조합: 비영리내국법인. 법인세법 제4조 제3항에 열거된 수익사업에서 생긴 소득에 대해서만 과세
수익사업이 없는 사회적협동조합은 법인세 신고의무가 없으며, 수익사업을 영위하면 사업자등록 후 법인세를 신고·납부합니다.
신고·납부기한: 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내 (12월 결산 시 3월 31일)

구분경리

수익사업을 하는 비영리법인은 자산·부채와 손익을 수익사업과 기타의 사업으로 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 합니다. 공통 익금·손금은 다음 기준으로 안분합니다.

공통익금: 수입금액 또는 매출액 비율
공통손금(업종이 같은 경우): 수입금액 또는 매출액 비율
공통손금(업종이 다른 경우): 개별 손금액 비율

※ 위 기준을 적용할 수 없거나 불합리한 경우에 한하여 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준으로 안분합니다.

※ 공통되는 자산과 부채는 수익사업에 속하는 것으로 봅니다.

고유목적사업준비금

사회적협동조합은 수익사업 소득을 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있습니다.

이자소득·배당소득 등 법정 소득: 100% 한도
그 밖의 수익사업 소득: 50% 한도

※ 조세특례제한법상 100% 특례 대상 법인(학교법인, 사회복지법인 등)에 사회적협동조합은 열거되어 있지 않습니다.

손금산입 방법: 결산 시 손비로 계상하는 것이 원칙이며, 외부감사인의 회계감사를 받는 비영리법인만 세무조정계산서 계상 및 잉여금처분에 의한 적립으로 손금산입할 수 있습니다.
사용 기한: 손금산입한 사업연도 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업 등에 사용하여야 하며, 미사용 잔액은 익금에 산입하고 이자상당액을 법인세에 가산합니다.

※ 고유목적사업준비금(세법상 손금)과 법정적립금(협동조합법상 잉여금 처분)은 전혀 다른 제도입니다.

부가가치세

영리 목적 여부와 관계없이 사업상 독립적으로 재화·용역을 공급하면 부가가치세 납세의무가 있습니다.
사회적협동조합이 공급하는 교육 용역과 간병·산후조리·보육 용역은 면세 대상에 포함됩니다(2020. 7. 1. 이후 공급분부터).
과세사업과 면세사업을 겸영하면 공통매입세액을 안분하여 과세사업분만 공제받습니다.

4. 잉여금 처분과 법정적립금

적립 의무

매 회계연도 결산 결과 잉여금이 있으면 해당 회계연도 말 출자금 납입총액의 3배가 될 때까지 다음 비율 이상을 법정적립금으로 적립하여야 합니다.

일반협동조합: 잉여금의 100분의 10 이상
사회적협동조합: 잉여금의 100분의 30 이상

배당 여부와 관계없는 의무입니다. “올해는 배당하지 않으니 적립하지 않아도 된다”는 해석은 허용되지 않습니다.
사회적협동조합은 법정적립금을 적립한 후 남은 잉여금도 임의적립금으로 적립하여야 하며 조합원에게 배당할 수 없습니다.
법정적립금은 손실의 보전에 충당하거나 해산하는 경우 외에는 사용할 수 없습니다.
적립 상한은 매년 회계연도 말 출자금 납입총액을 기준으로 다시 계산합니다. 출자금이 늘면 상한도 함께 올라갑니다.

별도 통장이 필요한가

법정적립금은 재무상태표 자본(잉여금) 안에서 계정을 구분하는 것이며, 같은 금액의 현금을 별도 계좌에 보관하라는 의무는 없습니다. 적립금 상당 현금은 운영자금 등으로 사용할 수 있고, 금지되는 것은 법정적립금 계정 자체를 손실보전·해산 외의 사유로 줄이는 처분입니다.

※ 공익법인으로 지정된 경우의 ‘공익목적사업용 전용계좌’(상증세법)는 실제 은행 계좌로서 법정적립금과는 다른 제도입니다.

※ 법적 의무는 아니지만, 적립금 상당액을 예금 등으로 별도 운용하면 실제 손실 흡수 여력을 확보할 수 있습니다.

왜 적립하는가 — 협동조합의 성격과의 관계

가변자본: 협동조합의 출자금은 조합원 탈퇴 시 환급되어 수시로 줄어듭니다. 조합원이 나가도 남는 자본을 확보하려는 장치입니다.
채권자 보호: 조합원의 책임은 출자액 한도이므로, 채권자가 기댈 수 있는 것은 조합 재산뿐입니다.
비분할 적립금: 잉여금의 일부를 조합원 개인 몫이 아닌 조합의 공동 재산으로 남기는 협동조합의 원칙을 법으로 정한 것입니다.

일반협동조합과 사회적협동조합에서의 실질 기능

일반협동조합: 배당, 탈퇴 시 지분환급, 해산 시 잔여재산 분배 등 잉여금이 조합원에게 빠져나갈 통로가 있으므로, 배당을 하지 않더라도 법정적립금이 유출을 막는 실질적인 하한선 역할을 합니다.
사회적협동조합: 배당 금지, 출자금만 환급, 해산 시 공익 귀속으로 유출 통로가 이미 막혀 있습니다. 따라서 법정적립금의 기능은 주로 손실을 흡수하는 마지막 완충재와 이사회 재량으로 줄일 수 없는 자본 하한선 표시에 있습니다.

※ 일반협동조합은 정관의 지분환급 계산 조항(적립금 포함 여부)과 잔여재산 분배 조항을 함께 점검해야 법정적립금의 실제 보호 기능을 판단할 수 있습니다.

손실이 계속되는 조합의 경우

잉여금이 없으면 적립할 것도 없으므로 법정적립금의 의미는 약해집니다. 손실 국면에서 조합 재산을 지키는 장치는 오히려 다음과 같습니다.

탈퇴 조합원이 조합에 대한 채무를 다 갚을 때까지 출자금 환급 정지
조합 재산으로 채무를 다 갚을 수 없는 경우 정관에 따라 탈퇴 조합원에게 손실액 납입 청구

※ 흑자로 전환되면 이월 손실금을 먼저 보전한 후 적립하므로, 이익이 외부로 나가기 전에 자본부터 복원됩니다.

적립하지 않은 경우의 불이익

소관 부처(주 사업 소관 중앙행정기관)의 시정명령 대상이 됩니다.
시정명령을 2회 이상 받고도 시정하지 않으면 설립인가가 취소될 수 있습니다.
법령이나 정관을 위반하여 조합에 손해를 끼친 임원은 연대하여 손해배상 책임을 집니다.
「협동조합 기본법」에는 임원 등의 위반행위에 대한 벌칙 및 조합에 대한 양벌규정도 있으므로, 결산 시 반드시 반영해야 합니다.

회계처리

처리 시점은 결산일이 아니라 정기총회에서 잉여금처분안을 승인한 날입니다. 결산 재무상태표는 처분 전 상태로 표시하고, 승인일에 미처분이익잉여금을 각 적립금으로 대체합니다. 현금 변동과 세무조정은 없습니다.

(1) 사회적협동조합 — 흑자

가정: 당기순이익 10,000,000원, 이월결손금 없음, 출자금 납입총액 50,000,000원(적립 상한 150,000,000원)

[12월 31일 결산]

(차) 집합손익 10,000,000 / (대) 미처분이익잉여금 10,000,000

[다음 연도 정기총회 승인일]

(차) 미처분이익잉여금 10,000,000
(대) 법정적립금 3,000,000 (10,000,000 × 30%)
(대) 임의적립금 7,000,000 (나머지 전액)

(2) 일반협동조합 — 흑자 및 배당

가정: 당기순이익 10,000,000원, 납입출자금 50,000,000원, 배당 총액 2,000,000원

법정적립금: 1,000,000원 (10% 이상)
이용실적배당: 1,200,000원 (배당 총액의 50% 이상)
출자배당: 800,000원 (납입출자금의 10% 이하)
임의적립금: 5,000,000원 (정관에 따름)
차기이월: 2,000,000원
합계: 10,000,000원

[정기총회 승인일]

(차) 미처분이익잉여금 8,000,000
(대) 법정적립금 1,000,000
(대) 임의적립금 5,000,000
(대) 미지급배당금 2,000,000

※ 차기이월 2,000,000원은 미처분이익잉여금 잔액으로 남습니다.

※ 출자배당 지급 시 배당소득세 14%(지방소득세 1.4% 별도)를 원천징수하여 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신고·납부합니다. 이용실적배당의 소득 구분은 별도 검토가 필요합니다.

(3) 적립 상한에 근접한 경우

가정: 출자금 납입총액 10,000,000원(상한 30,000,000원), 기존 법정적립금 29,000,000원, 당기 잉여금 10,000,000원(일반)

비율 기준 금액: 10,000,000 × 10% = 1,000,000원
상한까지 잔여액: 30,000,000 - 29,000,000 = 1,000,000원
의무 적립액: 둘 중 작은 금액인 1,000,000원

※ 사회적협동조합이라면 비율 기준 금액이 3,000,000원이지만 의무 적립액은 상한까지 잔여액인 1,000,000원이며, 나머지 9,000,000원은 임의적립금으로 적립합니다.

(4) 손실 보전 — 사회적협동조합

가정: 당기순손실 4,000,000원, 미처분이월금 1,000,000원, 임의적립금 2,000,000원, 법정적립금 5,000,000원

보전 순서: 미처분이월금 → 임의적립금 → 법정적립금

[정기총회 승인일]

(차) 미처분이월금 1,000,000
(차) 임의적립금 2,000,000
(차) 법정적립금 1,000,000
(대) 미처리결손금 4,000,000

※ 보전 후 법정적립금 잔액은 4,000,000원입니다. 보전 후에도 부족하면 다음 회계연도로 이월합니다.

회계처리 시 유의사항

이월결손금이 있는 해에는 처리 순서상 결손을 보전한 후의 잉여금을 기준으로 적립하는 것이 자연스러우나, 법 문언이 명확하지 않으므로 정관과 소관부처 지침을 확인하고 보수적으로 처리합니다.
사회적협동조합의 잉여금 처분은 수익사업과 비수익사업을 합한 법인 전체 결산을 기준으로 합니다. 구분경리는 법인세 계산을 위한 것입니다.
정기총회 의사록과 잉여금처분계산서가 분개의 근거 서류이며, 경영공시 자료의 수치와 일치해야 합니다.

5. 공익법인(구 지정기부금단체) 지정

지정 요건 — 모두 충족

정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업(지역사업, 취약계층 사회서비스·일자리, 위탁사업) 중 어느 하나를 수행할 것
해산 시 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 하는 내용이 정관에 포함될 것
인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것
국민권익위원회·국세청·주무관청 등 공익위반사항 관리·감독기관 중 1곳 이상의 홈페이지가 법인 홈페이지에 연결되어 있을 것
지정일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 법인 또는 대표자 명의로 공직선거법상 선거운동을 한 사실이 없을 것
지정이 취소된 경우 취소일부터 3년이 지났을 것

※ 제4호(그 밖의 공익증진 사업)만 수행하는 경우는 해당하지 않습니다.

절차와 지정기간

관할 세무서를 경유하여 국세청장에게 추천 신청 → 국세청장 추천 → 재정경제부장관 지정·고시(매 분기 말)
신청 기한: 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 (1월·4월·7월·10월의 10일)
지정기간: 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년 (지정기간 종료 후 2년 이내 재지정 시 6년)

지정 후 의무 — 지정기간 동안

위 정관·홈페이지 요건을 계속 충족할 것
제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 하나를 수행할 것
기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 법인 홈페이지와 국세청 홈택스에 각각 공개할 것
수익사업 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것
사업연도 종료일 기준 최근 2년 동안 고유목적사업 지출내역이 있을 것
선거운동을 하지 않을 것

상속세 및 증여세법상 지위

공익법인으로 지정된 사회적협동조합이 운영하는 고유목적사업은 상증세법상 공익법인등의 사업에 해당하여, 출연받은 재산에 대해 증여세 과세가액 불산입을 적용받는 대신 전용계좌 사용, 결산서류 공시, 출연재산 사용 등 상증세법상 사후관리 의무를 집니다.

※ 지정을 받지 않은 사회적협동조합은 출연받은 재산에 대해 이 혜택이 없으므로 기부금 수령 전 지정 여부를 반드시 확인해야 합니다.

6. 최신 개정사항

공익법인 의무이행 여부 보고서 제출의무 폐지

법인세법 시행령 개정(2026. 2. 27.)으로 공익법인등이 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청에 제출하던 의무이행 여부 보고서 제출의무가 폐지되었습니다. 국세청의 의무이행 여부 점검은 유지됩니다.

적용: 시행일 이후 개시하는 사업연도분부터
12월 결산 법인: 2026 사업연도분(2027. 4. 30. 기한)까지는 종전대로 제출 대상이고, 2027 사업연도분부터 제출하지 않습니다.

※ 보고서 제출만 폐지된 것이며, 기부금 모금액·활용실적 공개 등 의무 자체는 그대로 유지됩니다.

소관 부처 명칭 변경

공익법인 지정·고시: 재정경제부장관
협동조합 정책 및 경영공시 게재처: 기획예산처 또는 사회적협동조합연합회 홈페이지

7. 세무대리 실무 유의사항

일반협동조합을 비영리법인으로 처리하는 오류

일반협동조합은 세법상 영리법인이므로 고유목적사업준비금을 설정할 수 없고, 공익법인 지정 대상도 아니어서 기부금 영수증을 발급할 수 없습니다. 설립인가증(사회적협동조합) 보유 여부와 법인등기사항증명서상 명칭을 먼저 확인한 후 세무조정 방식을 결정해야 합니다.

구분경리 미비와 공통손금 안분 오류

흔한 오해: 공통경비를 임의 기준으로 나누거나 전액 수익사업 손금으로 처리
정확한 기준: 법인세법 시행규칙 제76조에 따라 업종이 같으면 수입금액 비율, 업종이 다르면 개별 손금액 비율로 안분합니다. 회계프로그램에서 수익사업과 비수익사업의 계정을 처음부터 분리해 두는 것이 안전합니다.

보조금·지원금의 일률 처리

흔한 오해: 정부·지자체 보조금은 모두 과세 제외
정확한 기준: 대가성 없이 받아 고유목적사업에 사용하는 보조금은 비수익사업 수입으로 보는 것이 국세청 해석이나, 수익사업과 관련된 비용을 보전하는 성격이면 수익사업 익금으로 볼 소지가 있습니다. 보조금마다 지원 목적과 사용처를 확인하여 사안별로 판단해야 하며, 비수익사업 재원으로 지출한 비용은 수익사업의 손금으로 산입할 수 없습니다.

법정적립금 누락

흔한 오해: 배당을 하지 않으니 법정적립금도 적립하지 않아도 된다
정확한 기준: 적립 의무는 잉여금 발생 여부로 정해지며 배당 여부와 무관합니다. 결산 후 정기총회 잉여금처분안에 반드시 반영해야 합니다.

사회적협동조합의 사실상 배당

흔한 오해: ‘이용실적 환원’, ‘인센티브’ 명목이면 배당이 아니다
정확한 기준: 명목과 관계없이 잉여금을 조합원에게 분배하면 배당 금지 위반입니다. 소관 부처의 시정명령 대상이 되고, 2회 이상 시정명령을 이행하지 않으면 설립인가가 취소될 수 있습니다. 세무상으로도 손금이 부인되고 귀속자에 대한 소득처분 문제가 발생할 수 있습니다.

일반협동조합 지분환급 시 의제배당

일반협동조합 조합원이 탈퇴하여 지분을 환급받을 때 환급액이 당초 납입출자금을 초과하면 그 초과액은 의제배당입니다.

원천징수: 배당소득세 14%(지방소득세 1.4% 별도)
신고·납부기한: 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일 (반기별 납부 승인 사업자는 반기 마지막 달의 다음 달 10일)

※ 사회적협동조합은 지분환급이 아닌 출자금환급청구권을 가지므로, 이 쟁점은 주로 일반협동조합에서 발생합니다.

사회적협동조합이 수익사업만 할 수 있는지

흔한 오해: 공익사업을 해야 하므로 세법상 수익사업은 할 수 없다, 또는 반대로 수익사업만 해도 상관없다
정확한 기준: 협동조합법과 세법은 ’공익’과 ’수익’을 서로 다른 기준으로 구분합니다.

협동조합법 기준: 공익 목적의 주 사업이 전체 사업량의 100분의 40 이상이어야 하므로, 공익 목적과 무관한 영리사업만 하는 것은 허용되지 않습니다.
세법 기준: 수익사업 여부는 사업의 목적이 아니라 성질로 판단합니다. 대가를 받고 재화·용역을 공급하면 원칙적으로 수익사업입니다.
예시: 취약계층을 고용하여 제품을 제조·판매하는 조합은 협동조합법상 주 사업(일자리 제공) 요건을 충족하면서, 세법상으로는 활동 전부가 수익사업일 수 있습니다.

이처럼 세법상 수익사업만 있는 경우에는 다음 사항에 유의해야 합니다.

법인세: 소득 전체가 과세 대상이 되어 영리법인과 유사한 과세 구조가 됩니다.
고유목적사업준비금: 손금산입은 가능하지만, 5년 이내에 사용할 비수익 고유목적사업이 없으면 익금에 산입되고 이자상당액이 가산됩니다.
공익법인 지정: 고유목적사업 지출 요건(지출액의 100분의 80, 최근 2년 지출내역)을 충족하기 어려워 사실상 지정이 곤란합니다.

※ 설립 단계에서 협동조합법상 주 사업, 세법상 수익사업과 고유목적사업의 구분, 공익법인 지정 추진 여부를 함께 고려하여 정관과 사업계획을 설계하는 것이 바람직합니다.

주 사업 비율 관리

주 사업이 전체 사업량의 100분의 40에 미달하면 설립인가 기준에 미달하게 되어 설립인가가 취소될 수 있습니다. 결산 시 주 사업 비율을 함께 점검하고, 공익법인으로 지정된 경우에는 고유목적사업 지출 100분의 80 요건도 별도로 확인해야 합니다.

8. 주요 세무 리스크와 기한

공익법인 지정취소

다음의 경우 지정이 취소될 수 있습니다.

지정기간 중 의무를 위반한 경우
상증세법에 따라 1천만원 이상의 상속세 또는 증여세(가산세 포함)를 추징당한 경우
불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우
목적 외 사업 등 공익목적을 위반한 경우

※ 지정이 취소되면 취소일부터 3년간 다시 지정받을 수 없습니다.

상증세법상 가산세

전용계좌 미사용: 미사용 금액의 0.5%
전용계좌 미개설·미신고: 직접 공익목적사업 수입금액 기준 산식과 대상 거래금액 합계의 0.5% 중 큰 금액
결산서류 미공시·오류: 공시·시정 요구 불이행 시 자산총액의 0.5%

※ 출연받은 재산을 정당한 사유 없이 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하지 않으면 증여세가 과세됩니다.

12월 결산 사회적협동조합 연간 기한

2월~3월: 정기총회(결산 승인, 잉여금처분안 승인 → 적립금 분개)
3월 31일: 법인세 신고·납부(수익사업이 있는 경우)
4월 30일: 협동조합 경영공시
4월 30일: 기부금 모금액·활용실적 공개(공익법인)
4월 30일: 결산서류 공시, 출연재산 보고서 제출(공익법인)
매월 10일: 전월 원천징수분 신고·납부

※ 정기총회 시기는 정관에 따르며, 법인세 신고 전에 결산을 확정하는 것이 일반적입니다.

※ 기한이 토요일·공휴일이면 그 다음 날이 기한입니다.

9. 자가 점검 방법

사회적협동조합 여부: 설립인가증 및 법인등기사항증명서 확인
법정적립금 적립 여부: 최근 정기총회 의사록의 잉여금처분안과 재무상태표의 법정적립금 잔액 증감 대조
공익법인 지정 여부: 재정경제부 홈페이지의 공익법인 지정 고시에서 법인명과 지정기간 확인
경영공시 이행 여부: 협동조합 홈페이지(www.coop.go.kr)에서 법인명으로 공시 내역 조회
결산서류·기부금 공개 이행 여부: 국세청 홈택스의 공익법인 공시 조회 메뉴에서 법인명으로 확인
소관 부처 확인: 협동조합 누리집(www.coop.go.kr)에 공개된 사회적협동조합 설립현황에서 유사한 사업을 하는 조합의 소관 부처 확인

10. 관련 법령

협동조합 기본법 제2조 (정의)
협동조합 기본법 제3조 (명칭)
협동조합 기본법 시행령 제2조 (명칭)
사회적기업 육성법 제19조 (유사명칭의 사용금지)
협동조합 기본법 제49조의2, 제96조의2 (경영공시)
협동조합 기본법 제50조, 제97조 (법정적립금 및 임의적립금)
협동조합 기본법 제98조 (손실금의 보전과 잉여금의 배당)
협동조합 기본법 제59조, 제104조 (잔여재산의 처리)
협동조합 기본법 제93조 (사업)
협동조합 기본법 제86조 (정관)
협동조합 기본법 제106조 (설립등기)
협동조합 기본법 제116조 (권한의 위임 및 위탁)
협동조합 기본법 시행령 제19조 (사회적협동조합의 설립인가 기준 등)
협동조합 기본법 시행령 제21조 (주 사업의 판단 기준 및 방법)
협동조합 기본법 시행령 제32조 (권한의 위탁)
협동조합 기본법 제4조, 제26조, 제39조, 제51조, 제85조, 제89조, 제90조, 제111조, 제112조, 제117조 (법인격, 지분·출자금 환급, 임원의 책임, 배당, 설립인가, 감독, 설립인가 취소, 벌칙)
법인세법 제4조, 제29조, 제113조 (과세소득의 범위 / 비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입 / 구분경리)
법인세법 시행령 제39조 (공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등)
법인세법 시행규칙 제76조 (비영리법인의 구분경리)
부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
부가가치세법 시행령 제36조, 제81조 (면세하는 교육 용역의 범위 / 공통매입세액의 안분 계산)
상속세 및 증여세법 제48조, 제50조의2, 제50조의3, 제78조 (공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등 / 공익법인등의 전용계좌 개설·사용 의무 / 공익법인등의 결산서류등의 공시의무 / 가산세 등)
상속세 및 증여세법 시행령 제12조 (공익법인등의 범위)

작성 기준

작성 기준일: 2026년 10월

「협동조합 기본법」 2026. 6. 24. 시행본 기준
2026년 정부조직 개편 반영: 공익법인 지정권자 재정경제부장관, 협동조합 정책 소관 기획예산처(종전 기획재정부)
2026년 1월 2일 정부조직 개편(기획재정부 → 재정경제부·기획예산처 분리)에 따라 협동조합 정책 총괄 및 사회적협동조합 인가권자가 기획예산처장관으로 변경된 내용을 반영하였습니다.
법인세법 시행령 개정(2026. 2. 27.) 반영: 공익법인 의무이행 여부 보고서 제출의무 폐지(시행일 이후 개시하는 사업연도분부터)

본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.