법인세 실무와 국고보조금 — 익금, 일시상각충당금, 세무조정
핵심 요약
영리법인이 받은 국고보조금은 교부통지를 받은 사업연도의 익금입니다.
보조금으로 사업용 자산을 취득하면 보조금 상당액을 일시상각충당금(비상각자산은 압축기장충당금)으로 손금에 산입하여 과세를 이연할 수 있습니다.
자산은 원칙적으로 받은 사업연도 말까지 취득해야 하며, 기한 내 사용하지 않으면 미사용액이 익금에 산입됩니다.
법인세 신고 시 명세서(또는 사용계획서)를 함께 제출해야 합니다.
1. 익금산입과 귀속시기
영리법인
국고보조금은 국가 등으로부터 자산을 무상으로 받는 것이므로 법인의 순자산을 증가시켜 익금에 해당합니다.
비영리법인
비영리법인은 법에 열거된 수익사업소득에만 법인세가 과세됩니다. 재화·용역 제공의 대가 없이 받은 국고보조금은 수익사업소득이 아닙니다.
※ 계약에 따라 대가를 받고 연구용역 등을 제공하면 수익사업에 해당합니다(서면2팀-1770, 2005.11.4.).
※ 국고보조금을 수익사업에 전입하면 자본의 원입으로 처리하고, 그 자금으로 취득한 자산의 감가상각비는 손금에 산입합니다(서면-2016-법령해석법인-6066, 2017.10.19.).
귀속시기
- 반환의무 없는 보조금 : 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도
- 교부통지 없이 순차 지급 : 실제 지급받은 날이 속하는 사업연도
- 성공 시 일부 반환 출연금 : 교부통지일 사업연도에 익금산입, 반환통지일 사업연도에 익금 차감 또는 손금
2. 사업용 자산 취득 시 손금산입
대상 보조금
다음 법률에 따라 받은 보조금이 대상입니다.
- 보조금 관리에 관한 법률
- 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률
- 농어촌 전기공급사업 촉진법, 전기사업법
- 사회기반시설에 대한 민간투자법, 한국철도공사법
- 농어촌정비법, 도시 및 주거환경정비법
- 산업재해보상보험법, 환경정책기본법
- 산업기술혁신 촉진법
※ 해당 여부가 불분명하면 지급한 주무부처에 확인해야 합니다.
손금산입액과 방법
사업용 자산의 취득·개량에 사용한 보조금 상당액을 손금에 산입합니다.
- 감가상각자산 : 일시상각충당금
- 비상각자산 : 압축기장충당금
결산에 반영하지 못했더라도 세무조정(신고조정)으로 손금산입할 수 있습니다.
※ 자산을 먼저 사고 보조금을 나중에 받은 경우, 보조금 지급일 이전 사업연도에 이미 손금산입한 감가상각비 상당액은 제외합니다.
예시 1 — 자산을 먼저 취득한 경우
기숙사 2억원 취득(내용연수 10년, 정액법), 다음 해 보조금 1억원 수령
- 보조금 해당 취득가액 : Min(1억원, 2억원) = 100,000,000원
- 이미 손금산입한 상각비 : 1억원 × 0.1 = 10,000,000원
- 일시상각충당금 : 100,000,000원 − 10,000,000원 = 90,000,000원
예시 2 — 감가상각과 충당금 상계
보조금 6억원으로 기계 10억원 취득(내용연수 10년, 정액법), 회사가 감가상각비 3억원 계상
- 상각범위액 : 10억원 × 0.1 = 100,000,000원
- 상각부인액 : 300,000,000원 − 100,000,000원 = 200,000,000원 (손금불산입, 유보)
- 충당금 상계액 : 100,000,000원 × 6억원/10억원 = 60,000,000원 (익금산입, 유보)
※ 감가상각비 시부인을 먼저 한 후, 손금으로 인정되는 감가상각비를 기준으로 충당금 상계액을 계산합니다.
자산 처분 시
일시상각충당금 잔액은 자산을 처분한 사업연도에 전액 익금산입합니다. 압축기장충당금은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 익금산입합니다.
3. 자산 취득 기한과 미사용 시 처리
취득 기한
보조금을 받은 사업연도 종료일까지 자산을 취득하거나 개량해야 합니다. 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 취득할 예정이면, 미리 손금에 산입하고 국고보조금 등 사용계획서를 제출합니다.
부득이한 사유로 인한 연장
다음 사유로 기한 내 사용하지 못하면, 그 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도 종료일까지 기한이 연장됩니다.
- 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우
- 공사 장소의 미확정 등으로 공사기간이 연장되는 경우
- 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우
- 그 밖에 이에 준하는 사유
※ 당초 사업계획상 건축공사기간이 3년이어서 기한 내 사용할 수 없는 경우도 연장 사유로 인정되었습니다(서면-2020-법인-1842, 2020.9.29.).
미사용 시
기한 내 사용하지 않거나 사용 전에 폐업·해산하면 사용하지 않은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입합니다.
※ 합병·분할로 합병법인 등이 그 금액을 승계하면 익금산입하지 않습니다.
4. 세무조정 누락과 수정신고
양편조정
기업회계에 따라 보조금을 자산 차감으로 표시한 경우, 다음 두 조정을 함께 해야 합니다.
- 익금산입 : 국고보조금 (유보)
- 손금산입 : 일시상각충당금 (△유보)
누락 시
양편조정을 모두 누락한 경우에도 수정신고를 할 수 있습니다. 과세표준과 세액에 변동이 없다고 방치하면, 세무조사 시 익금산입만 되고 손금산입은 인정받지 못해 세부담이 늘어날 수 있습니다.
5. 이월결손금 보전 제한
- 2020.1.1. 전 개시 사업연도에 받은 보조금 : 이월결손금 보전에 충당 가능 → 익금불산입
- 2020.1.1. 이후 개시 사업연도에 받은 보조금
- 2010.1.1. 전 개시 사업연도 발생 결손금 : 보전 충당 가능
- 2010.1.1. 이후 개시 사업연도 발생 결손금 : 보전 충당 불가
6. 신고 시 제출서류와 기한
국고보조금 손금산입을 적용하려면 법인세 과세표준 신고 시 국고보조금 등과 취득 자산의 명세서(자산을 취득하지 못한 경우 국고보조금 등 사용계획서)를 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다.
- 신고·납부기한 : 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월
- 성실신고확인서 제출 법인 : 4개월
- 12월 결산법인 : 다음 해 3월 31일 (성실신고확인 4월 30일)
7. 관련 법령
- 법인세법 제4조 (과세소득의 범위)
- 법인세법 제36조 (국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입)
- 법인세법 제18조 제6호 (이월결손금 보전에 충당한 금액의 익금불산입)
- 국세기본법 제45조 및 같은 법 시행령 제25조 제2항 (수정신고)
작성 기준
작성 기준일: 2026년 10월
- 법인세법상 국고보조금 손금산입 제도(법인세법 제36조)는 최근 개정 사항이 없으며, 2026년 10월 현재 이 글의 내용으로 시행 중입니다.
본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.