소득세 실무와 국고보조금 — 개인사업자가 꼭 알아야 할 처리기준

핵심 요약

개인사업자가 사업과 관련하여 받은 국고보조금은 사업소득 총수입금액에 산입되어 종합소득세가 과세됩니다.

「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 보조금으로 사업용 자산을 취득하면 필요경비 산입으로 과세를 이연할 수 있습니다.

보조금은 복식부기의무·성실신고확인 대상 판정 수입금액에도 포함되므로, 보조금 때문에 기장의무가 달라질 수 있습니다.

1. 총수입금액 산입

원칙

사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액은 사업소득 총수입금액에 산입합니다. 국고보조금도 사업과 관련하여 받았다면 영업외수익으로 계상하여 총수입금액에 산입해야 합니다.

과세대상으로 본 사례

신규고용촉진장려금 (서면인터넷방문상담1팀-227, 2006.2.20.)
실업자 훈련 보조금 (서면인터넷방문상담1팀-474, 2006.4.12.)
직장보육시설 취득비용 보조금 (사전-2020-법령해석소득-0476, 2020.6.12.)

과세 제외로 본 사례

코로나19 지역고용대응 특별지원금 (사전-2020-법령해석소득-0413, 2020.11.19.)
소상공인 새희망자금 (서면-2021-법령해석소득-3058, 2021.5.24.)
소상공인 방역지원금 (서면-2022-소득-1176, 2022.5.3.)
감염병예방법 제70조에 따른 손실보상금 (서면-2022-법규소득-3013, 2022.10.6.)
코로나19 병상 효율화 인센티브 지원금 (서면-2023-법규소득-0192, 2023.4.10.)
장기요양기관 검체채취 의료·간호인력 지원금 (기획재정부 소득세제과-658, 2023.7.26.)

※ 과세 제외는 개별 해석에 따른 것이므로, 다른 지원금에 그대로 적용하면 안 됩니다.

소상공인 손실보상금 특례

「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」에 따라 감염병 예방을 위한 집합 제한·금지 조치로 받은 손실보상금은 2024.1.1. 이후 받는 분부터 총수입금액에 산입하지 않습니다.

2. 사업용 자산 취득 시 필요경비 산입

대상

사업용 자산을 취득·개량할 목적으로 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 보조금을 받아 그 목적에 지출한 경우, 또는 자산을 먼저 취득·개량하고 보조금을 사후에 받은 경우입니다.

※ 법인세법은 11개 법률에 따른 보조금을 대상으로 하지만, 소득세법은 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 보조금만 대상입니다.

방법

감가상각자산 : 일시상각충당금
비상각자산 : 압축기장충당금

※ 국세청과 조세심판원은 개인사업자도 신고조정이 가능하다고 해석합니다(소득46011-3492, 1997.12.31.; 조심2015전5121, 2016.3.25.).

취득 기한

보조금을 받은 과세기간 종료일까지 자산을 취득해야 합니다. 다음 과세기간 종료일까지 취득할 예정이면, 확정신고 시 국고보조금 사용계획서를 첨부하여 미리 필요경비에 산입할 수 있습니다.

※ 공사 허가·인가 지연, 공사 장소 미확정, 용지보상 소송 등 부득이한 사유가 있으면 그 사유가 없어진 날이 속하는 과세기간 종료일까지 연장됩니다.

미사용·폐업 시

기한까지 사용하지 않거나 기한 전에 폐업하면, 보조금 상당액을 그 사유가 발생한 과세기간의 총수입금액에 산입합니다.

감가상각과 처분

일시상각충당금은 감가상각비와 상계하고, 자산을 처분하면 상계하고 남은 잔액을 처분한 과세기간의 총수입금액에 산입합니다.

3. 법인전환 시 유의사항

국고보조금으로 사업용 자산을 취득한 개인사업자가 현물출자나 사업양수도로 법인전환하면서 자산을 법인에 이전하는 경우, 남은 일시상각충당금 잔액은 개인사업자의 처분일이 속하는 과세기간 총수입금액에 산입됩니다(서면-2018-소득-1687, 2018.8.20.; 서면-2016-소득-3782, 2016.5.4.).

※ 법인전환 전에 충당금 잔액과 그에 따른 세부담을 미리 계산해야 합니다.

4. 이월결손금 보전 제한

복식부기의무자가 2020.1.1. 이후 개시한 과세기간에 받은 보조금은 2010.1.1. 이후 개시한 과세기간에 발생한 결손금의 보전에 충당하여 총수입금액불산입할 수 없습니다.

5. 기장의무·성실신고 판정 시 보조금 포함

판정 기준

성실신고확인·외부조정·복식부기의무·기준경비율 대상 판정 수입금액은 총수입금액으로 해석되므로, 국고보조금도 포함됩니다.

※ 지방재정법에 따른 지방보조금도 성실신고확인 판정 수입금액에 포함됩니다(사전-2020-법령해석소득-0473, 2020.6.12.).

업종별 기준금액

㈎ 농업·임업·어업, 광업, 도소매업(상품중개업 제외), 부동산매매업 등

성실신고확인(해당 과세기간) : 15억원 이상
외부조정(직전 과세기간) : 6억원 이상
복식부기(직전 과세기간) : 3억원 이상
기준경비율(직전 과세기간) : 6천만원 이상

㈏ 제조업, 숙박·음식점업, 건설업, 운수·창고업, 정보통신업, 금융·보험업, 상품중개업 등

성실신고확인 : 7억5천만원 이상
외부조정 : 3억원 이상
복식부기 : 1억5천만원 이상
기준경비율 : 3,600만원 이상

㈐ 부동산임대업, 전문·과학·기술서비스업, 교육서비스업, 보건·사회복지서비스업, 개인서비스업 등

성실신고확인 : 5억원 이상
외부조정 : 1억5천만원 이상
복식부기 : 7,500만원 이상
기준경비율 : 2,400만원 이상

6. 신고·납부기한

종합소득세 확정신고·납부 : 다음 해 5월 1일 ~ 5월 31일
성실신고확인대상자 : 다음 해 5월 1일 ~ 6월 30일
국고보조금 사용계획서는 확정신고 시 함께 제출합니다.

7. 관련 법령

소득세법 제26조 (총수입금액 불산입)
소득세법 제32조 (국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산의 필요경비 산입)
소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출)
소득세법 시행령 제133조 (성실신고확인서 제출)

작성 기준

작성 기준일: 2026년 10월

소상공인 손실보상금 익금불산입 특례는 2024.1.1. 이후 받는 분부터 시행 중입니다.

본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.