조세특례제한법과 국고보조금 — R&D 출연금 특례와 세액공제 배제
핵심 요약
연구개발 목적으로 국가 등으로부터 출연금을 받고 구분경리하면, 받은 해에 익금에 산입하지 않고 실제 연구개발에 쓰는 시점에 익금에 산입할 수 있습니다(2026.12.31.까지 받는 분).
목적 외로 사용하면 미사용액이 익금에 산입되고 이자상당가산액이 추가됩니다.
출연금이나 보조금으로 지출한 금액은 연구·인력개발비 세액공제와 통합투자세액공제에서 제외 또는 차감됩니다.
1. 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례
취지
여러 해에 걸쳐 쓸 연구개발 출연금을 받은 해에 전액 과세하면 연구 재원이 세금으로 빠져나가므로, 실제 사용 시점까지 과세를 이연해 주는 제도입니다.
대상과 요건
- 대상 : 연구개발 등을 목적으로 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받은 출연금 등의 자산
- 요건 : 해당 출연금을 구분경리할 것
- 기한 : 2026년 12월 31일까지 받는 분
※ 개정 전에는 「산업기술혁신 촉진법」 등 열거된 법률에 따른 출연금만 대상이었으나, 2025.1.1.부터 출연 주체 기준으로 바뀌었습니다.
사용 시 익금산입 방법
- 연구개발비로 지출 : 지출일이 속하는 과세연도에 지출액 상당액
- 감가상각자산 취득 : 매년 손금산입하는 감가상각비 상당액 (처분 시 남은 잔액 전액)
- 비상각자산 취득 : 처분일이 속하는 과세연도에 전액
2. 목적 외 사용 시 불이익
익금산입
출연금을 연구개발 목적 외로 사용하거나, 사용하기 전에 폐업·해산하면 사용하지 않은 금액을 그 사유가 발생한 과세연도에 익금에 산입합니다.
※ 합병·분할로 합병법인 등이 승계한 경우는 제외합니다.
이자상당가산액
익금에 산입하게 되면 다음 금액을 법인세에 가산하여 납부합니다.
이자상당가산액 = 법인세 차액 × 미납부일수 × 1일 0.022%
- 법인세 차액 : 익금불산입으로 발생한 그 사업연도의 법인세 차액
- 미납부일수 : 익금불산입한 사업연도 종료일 다음 날부터 익금산입하는 사업연도 종료일까지
기간별 이자율
- 2019.2.11.까지 : 1일 0.03%
- 2019.2.12. ~ 2022.2.14. : 1일 0.025%
- 2022.2.15. 이후 : 1일 0.022%
※ 개정 전 기간분은 종전 이자율을 적용합니다.
3. 연구·인력개발비 세액공제에서 제외되는 금액
다음 금액은 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다.
- 연구개발 관련 출연금 과세특례 대상 출연금을 받아 연구개발비로 지출하는 금액
- 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액
※ 2023.2.28. 이후 발생하는 비용부터 지급 목적과 관계없이 국가 등의 출연금으로 지출한 금액은 제외됩니다.
※ 회사가 자체 부담한 민간부담금 등은 요건을 갖추면 공제 대상입니다.
4. 투자세액공제 시 보조금 상당액 차감
통합투자세액공제 등을 받을 때 다음 금액은 투자금액에서 차감합니다.
- 국가 등으로부터 출연금 등을 받아 투자에 지출한 금액
- 투자 목적 융자의 이자를 국가 등이 대신 지급하였거나 지급하기로 한 금액의 합계액
- 국가 등으로부터 투자 목적 융자를 받은 경우의 이자지원금 상당액
이자지원금 = 인정이자율로 계산한 원리금 합계액 − 실제 이자율로 계산한 원리금 합계액
※ 음수이면 0으로 봅니다.
※ 인정이자율은 가중평균차입이자율이 원칙이며, 적용할 수 없으면 당좌대출이자율(현재 연 4.6%)을 적용합니다.
5. 관련 법령
- 조세특례제한법 제10조의2 (연구개발 관련 출연금 등의 과세특례)
- 조세특례제한법 제24조 (통합투자세액공제)
- 조세특례제한법 제127조 (중복지원의 배제)
작성 기준
작성 기준일: 2026년 10월
- 2025.1.1.부터 연구개발 출연금 과세특례 대상이 특정 법률에 따른 출연금에서 ’국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업으로부터 받은 연구개발 목적 출연금’으로 확대되었습니다.
본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.