국가·지방자치단체 위탁사업과 국고보조금 — 누구의 명의와 계산인가

핵심 요약

국가나 지방자치단체로부터 사업을 위탁받아 운영하는 경우, 세금은 ’누구의 명의와 계산(위험 부담)으로 사업을 하는가’로 판단합니다.

손익이 국가 등에 귀속되고 위탁보수만 받으면 위탁보수만 과세됩니다.

자기 책임과 계산으로 운영하면 사업의 수익·비용 전부가 과세되고, 받는 사업비도 부가가치세 과세표준이 될 수 있습니다.

협약서의 손익 귀속, 결손 부담, 잔액 반납 조항을 먼저 확인해야 합니다.

손익이 국가 등에 귀속되는 경우

위험을 위탁자인 국가가 부담하고, 이익을 국가에 귀속시키며, 위탁보수만 받는 경우에는 위탁보수만 익금입니다(사전-2020-법령해석법인-0349, 2020.9.10.).

자기 책임과 계산으로 수행하는 경우

위험을 실질적으로 법인이 부담하는 등 자기 책임과 계산으로 수행하면 위탁사업에서 생기는 수익과 비용을 법인의 익금과 손금으로 합니다(같은 예규).

사례

노인전문병원 위탁운영 : 독립채산제로 운영하면서 운영비가 부족하면 법인이 경비를 부담하는 경우 의료사업은 수익사업에 해당 (기획재정부 법인세제과-188, 2009.3.5.)
노인일자리사업 위탁운영 : 잔여 사업비는 차기로 이월하고 위탁계약 해약 시 정산 잔액을 지자체에 반납하는 등 손익이 실질적으로 지자체에 귀속되면 법인세 과세대상이 아님 (사전-2021-법령해석법인-1214, 2021.10.26.)

기본 원칙

※ 다만 우정사업 일부, 고속철도 여객운송, 부동산임대업, 도소매업, 음식점업·숙박업, 골프장·스키장 등 법에 열거된 사업은 국가 등이 공급하더라도 과세됩니다.

사례

공유재산 개발사업 : 지방공사가 지자체의 책임과 계산으로 단순 대행하면 개발보수만 공급가액이 되고, 사업을 포괄적으로 위탁받아 수행하면 개발비용을 포함한 개발수수료 전액이 공급가액 (사전-2021-법령해석부가-0021, 2021.2.3.)
동굴 운영사업 : 지방공사가 지자체의 책임과 계산으로 입장료 등을 받으면 지자체가 공급하는 용역으로 면세 (사전-2017-법령해석부가-0776, 2018.1.25.)

원칙

조세특례제한법에 따른 정부업무대행단체가 공급하는 재화·용역으로서 시행규칙 별표에 열거된 사업은 부가가치세가 면제됩니다.

면세에서 제외되는 사업

사례

거주자우선주차·공영주차장 : 지방공단이 단순히 주차요금 징수를 대행하고 사업은 지자체의 명의와 계산으로 하면 면세 (서면인터넷방문상담3팀-448, 2005.3.31.)
다목적체육관 : 지방공단이 국가 등의 명의와 계산으로 체육시설을 운영하고 사용료를 받으면 면세 (서면-2021-법령해석부가-5450, 2021.8.24.)

원칙

사례

복권판매 시스템 이용료 : 자기 책임과 계산으로 받으면 과세 (사전-2021-법령해석부가-0075, 2021.1.28.)
국유재산 포괄위탁 후 수탁자 명의로 사용료 수취 : 과세 (서면인터넷방문상담3팀-706, 2005.5.21.)
글로벌문화체험센터 운영 : 지자체로부터 받은 사업비·수수료 전액이 공급가액 (서면-2021-부가-2621, 2021.11.10.)
청년정책 지원시스템 운영 업무대행 : 사업비 전액 과세, 사업종료 후 정산으로 대가를 확정하면 공급가액 확정 시점이 공급시기 (사전-2020-법령해석부가-1144, 2020.12.14.)
정신건강복지센터 등 위탁운영 : 사업비·운영경비 과세 (기획재정부 부가가치세제과-441, 2017.8.31.)
스포츠센터 포괄위탁 후 정산손실 일부를 지원금으로 수령 : 위탁관리용역 대가로 과세 (법규부가2011-526, 2012.2.14.)
퇴직공무원 사회공헌사업 : 위탁사업비는 과세, 다만 인사혁신처의 책임과 계산으로 활동비 지급만 대행하는 부분은 과세표준에서 제외 (서면-2017-부가-1827, 2017.11.30.)

※ 위 사항이 협약서에 불분명하면 계약 체결 전에 조정하는 것이 안전합니다.

작성 기준일: 2026년 10월

본 안내문은 2026년 10월 현재 시행 중인 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 거래의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.