2027년 달라질 수 있는 국고보조금 세제 — 2026년 세제개편안(정부안) 미리보기

핵심 요약

정부는 2026년 세제개편안에서 국고보조금과 관련된 조세특례 3가지를 바꾸는 안을 내놓았습니다.

연구개발(R&D) 출연금 과세특례는 2026년 말 일몰 없이 계속 적용(상시화)하고, 소상공인 손실보상금 익금불산입 특례와 수탁중소기업 연구시설 투자 세액공제는 2026년 말로 종료하는 내용입니다.

국회를 통과하면 대부분 2027년부터 적용되므로, 해당 지원을 받는 기업은 연말까지 국회 의결 결과를 확인해야 합니다.

현행

연구개발 목적으로 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 출연금을 받고 구분경리하면, 받은 해에 익금에 산입하지 않고 실제 연구개발에 쓰는 시점에 익금에 산입할 수 있습니다. 이 특례는 2026년 12월 31일까지 받는 출연금에 적용됩니다.

정부안

적용기한을 삭제하여 기한 없이 계속 적용합니다. 개정 이유는 ’연구개발 지속 지원’입니다.

실무 영향

통과되면 2027년 이후 받는 R&D 출연금도 받은 해에 과세되지 않고 사용 시점까지 과세를 이연할 수 있습니다.

※ 통과되지 않으면 2027년부터 받는 출연금은 특례를 적용받을 수 없어, 받은 해의 익금이 됩니다.

현행

「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」에 따라 감염병 예방을 위한 집합 제한·금지 조치로 받은 손실보상금은 2024.1.1. 이후 받는 분부터 법인세의 익금, 소득세의 총수입금액에 산입하지 않습니다.

정부안

특례를 종료합니다. 다만 2026.12.31. 이전에 손실보상 대상자에 해당하게 된 자가 받는 손실보상금은 종전 규정을 적용합니다(경과조치).

실무 영향

통과되더라도 2026년 말까지 손실보상 대상자가 된 경우에는 이후에 보상금을 받아도 과세되지 않습니다. 손실보상 대상자 해당일을 확인할 수 있는 자료를 보관해 두는 것이 좋습니다.

현행

대·중소기업 상생협력을 위해 수탁중소기업에 연구시설 등을 설치하는 투자를 하면 투자금액의 일정 비율을 세액공제합니다.

정부안

적용기한을 2026.12.31.로 앞당겨 종료합니다. 같은 조문의 협력중소기업 유형고정자산 무상임대 세액공제(장부가액의 3%)도 함께 종료됩니다. 다만 2026.12.31. 이전에 투자하거나 무상임대하는 분은 종전 규정을 적용합니다(경과조치).

실무 영향

수탁중소기업 연구시설 투자를 계획 중이라면, 국회 결과에 따라 2026년 중 투자 집행 여부가 공제 적용을 가를 수 있습니다.

일정

대응

작성 기준일: 2026년 10월

이 글은 2026년 8월 3일 정부가 발표한 2026년 세제개편안(정부안)을 소개하는 글입니다. 국회 심의 중인 안으로 아직 확정되지 않았으며, 국회 의결 과정에서 내용이 바뀌거나 통과되지 않을 수 있습니다.
2026년 귀속 법인세·종합소득세 신고에는 현행 규정이 적용됩니다.

본 안내문은 2026년 10월 현재 정부가 발표한 세제개편안(정부안)을 소개하는 일반적인 정보 제공 자료로, 확정된 법령이 아닙니다. 국회 심의 결과에 따라 내용이 달라질 수 있으므로, 실제 적용 시에는 반드시 확정 법령을 확인하시기 바랍니다.